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1602年，李赞在狱中以剃刀自刎，死后，被称为牺牲自我。这一评论不能不使人感到怀疑。李蛰的著作不穿于当时而屡被官方禁止，但是仰慕他的人则不顾禁令而不断加以重印。这些著作，虽然篇幅浩瀚，然而并没有在历史上开拓出一条新路。李费并不缺乏勇气，但是通常来说，这样类型的作家如果发现了崇高的真理而愿意为之牺牲自己，他的文字中间就会表现一种燃烧性的自我满足和欣快。这些特点不能在李蛰的著作中见到。
少数的评论者，竟说李赞站到了下层民众的立场上，批判了剥削农民的地主阶级。这种论调自然更属于无稽。他在1580年离开姚安知府的职务以后，一直倚靠朋友中地主外上的周济以维持生活，而他从也不觉得接受这些周济有任何不妥。这个社会容许他不耕而食，但是他从来没有提出应当改组。如果在某些地方批判了他的地主官僚朋友，那也只是着眼在私人的性格和品德，而从没有提到经济立场，同时他也明确指出这种评语可以同样适用于自己。在若干场合，他一方面自我批评，一方面又自我怜惜。在给侍郎周思敬的信里，他说：“今年不死，明年不死，年年等死，等不出死，反等出祸。然而祸来又不即来，等死又不即死，真令人叹尘世苦海之难逃也。可如何！’丁目在这种语调中看不出丝毫自我牺牲的意味，也就是说，写信的人并没有能以燃犀烛照的锐利眼光看透社会的病弊，立下“与汝偕亡”的决心。
但是李蛰对这个社会具有理智上的关心，则属毫无疑义。这种关心和信仰自由有其相通之处，在它的后面有社会经济的背景，也有与他所处的社会环境有特别的关联，而其个人的心理上和哲学上的特点尤其不能忽视。这些条件只能更把李蛰构成为一位特色鲜明的中国学者，而不是一位在类似条件下的欧洲式的人物。
李蛰是儒家的信徒。1587年以前，他已经按照儒家的伦理原则完成了对家庭应尽的一切义务。次年，他即制发为僧，时年六十一。剃发的原因是他的环境已经允许他抛却呆板、拘束的生活，得以寻求个性的自由发展。这不等同于一般意义上的遁世，不论从理智上看还是从社会关系上看，他此后的言行实际上代表了全国文人的良心。当被捕后接受讯问，他回答说：“罪人著书甚多具在，于圣教有益无损。’这种精神和路德的倔强相似。他认为每个人都可以根据自己的意见解释经典，这也和宗教革命的宗旨，即见信徒即为长老的态度相似。但李蛰没有路德的自恃，也缺乏伊拉斯漠斯的自信。在他自裁以后气绝以前，他用手指写了王维的一句诗以解释他的死因：“七十老翁何所求！”其消极悲观的情绪已显然可见。
李蛰的悲观不仅属于个人，也属于他所生活的时代。传统的政治已经凝固，类似宗教改革或者文艺复兴的新生命无法在这样的环境中孕育。社会环境把个人理智上的自由压缩在极小的限度之内，人的廉洁和诚信，也只能长为灌木，不能形成丛林。都御史耿定向是李蛰的朋友、居停和论辩的对手，李蛰曾屡屡对他作过不留情面的抨击，批评他缺乏诚信。然而，李赞还以同样不留情面的态度解剖自己，指责自己缺乏诚信：“志在温饱，而自谓伯夷叔齐：质本齐人，而自谓饱道沃德。分明一介不与，而以有等借口；分明毫毛不拔，而谓杨朱贼仁。动与物免心与回违。”他还怀疑自己用佛门的袈裟遮掩了“商贾之行之心’“以欺世盗名”这种奇怪现象的症结，在于内心矛盾的剧烈交战而无法自解。
李蛰于1527年生于福建泉州。他的家族原姓林，后来改姓李。六世祖林写是泉州的巨商，以贸易往来于波斯湾，娶“色目女”可能就是印度欧罗巴种的女人。在其后相当的时间内，他的祖先仍然和混血的家庭和伊斯兰教的信仰者往来，一直到曾祖父一代，他家庭中的国际色彩才归于消失，李蛰本人则从小就在中国传统文化的影响下长大成人。
到李蛰这一代，他的家道早已中落。1552年，他得中举人。中举后因为经济困难，不能再耐心拼得进土及第的资格，即要求循例在政府中任职。之后，他多年沉浮于下僚，位卑俸微，郁郁不得志。1559年，又因为父亲死去而停职丁优。服满后入京求职，等待了一年零八个月，才得到了一个国子监教官的职位。候补期间，以教书糊口。他生有4个儿子3个女儿，但除了大女儿以外，其他都不幸夭殇。据李蛰自己说，有一次他有7天没有吃到多少东西，最后甚至饥不择食，不能分辨“稻粱”和“黍稷”的差别。
1563年，他的祖父去世。上司和朋友根据当时的习惯，送给了他相当丰厚的蹲仪。至此，他下了一个重要的决心。他把全部款项的一半在他做过教官的河南购置地产一处，以为妻女衣食之资，让她们留在河南，余下的一半则由他自己携回福建。他所需要安葬的不仅是新去世的祖父，而且还有祖先三代的灵柩五口。按照一般的风俗，安葬先人，必须讲求风水，选择吉地，以期后人的飞黄腾达，否则宁可把灵柩长期停放。当时，李蛰还在文官的下层中挣扎，虽然祖父刚刚去世，但是曾祖父的灵柩已经停放了50年，环境逼迫他迁就现实，在可能的条件下一起埋葬，但求入土为安而不再作过高的奢望。这一问题的解决，多年之后还使李蛰感到已经格尽了自己的职责。
然而这一个决定却增加了他妻子的负担。她不愿意在去家数千里之外无依无靠地独撑门户，而且她也有自己的学思。她的母亲年轻时居捐，历经辛苦，把她抚育成人，这时由于思念女儿，朝夕哭泣至于“双眼盲矣”但是李蛰手头的款项毕竟有限，不可能在丧葬之外再携家往返，所以只能忍心拒绝了她一起返回泉州的请求。他们一别三年，等到重新聚首，她才告诉他两个女儿因为当地饥道，营养不良而死。这一不幸的消息当然使他伤痛不已，当晚与妻子“秉烛相对，真如梦寐”
李蛰在河南共城任儒学教谕3年，在南京和北京国子监任教官各数月，在礼部任司务5年，又调任南京刑部员外郎又近5年，最后才被任为云南姚安府知府，时在1577年。在就任知府以前，他的官俸极为微薄，甚至不足糊口。只有在知府任上，才有了各项“常例”和其他收入，逐渐有所积蓄。
这种似合法又似非法的收入并没有使李蛰感到不安。他并不像海瑞一样，以为官俸定额以外的一丝一毫收入都属于贪污。他以特行卓识而见称于当代和后世，但在这个问题上却和常人有相同的看法，即做官的目的本来就是名利。他的诚实在于能够坦白承认这一目的，而不打出去绝私欲、为国为民等等高尚的幌子。这就接触到了一个更为根本的问题：我们是否应该让每个人公开承认自己的私心也就是自己的个人打算，以免口是心非而阴阳混淆？
使李蛰感到不安的倒是他的妻子。她是一位标准的贤妻良母，只要对丈夫的事业有利，她能够忍受一切乃至牺牲一切，但是她不能理解丈夫的精神世界。他一心想要创造独立的思想和人格，离开了独立，他的内心就得不到满足。也是基于这种精神，在1580年姚安府任满以后他决定退休。当时他年方53岁，正值官运亨通，一帆风顺，这种出乎意外的决定对她也不能不是一种打击。然而她依然是顺从，和丈夫一起迁到湖广黄安，寄居在耿氏兄弟家里。可是李赞后来又和耿定向闹翻，又决意搬到附近麻城的佛堂中去居住，她这才不得不独自回到离别了20年的故乡泉州。直到1587年，她临死以前，她曾多少破向他呼吁，要他回到泉州。当她的死讯传来，李蛰曾写了6首诗表达当时的伤感。诗中称赞她的贤淑，说“慈心能割有，约已善治家”夫妻40年来未曾反目，只是由于不能理解“丈夫志四海”的宏献，在给女婿的信里，李蛰提到在听到噩耗以后，没有一夜不梦见她，文字的凄怆，令人不忍卒读。好几年以后，他还劝告朋友不要轻易削发为僧，尤其是有近亲的人更要三思而后行。这种劝告，不妨看成这位充满矛盾的哲学家的一次自我忏悔。
李蛰的一意孤行，一定要和两千年来根深蒂固的家族观念联系起来观察，才能使人理解。因为按照当时的习惯，他一旦回到泉州，他所需要照顾的决不能仅止于自己的家庭。他是族中有名望的人物，又做过知府，那就一定会陷入无数的邀劝纠缠之中而不可自拔。
早在二三十年前，在丧父家居的时候，李蛰就已经有了这种经验。当时倭寇犯境，城市中食物奇缺。他虽然只是一个最低级的文官，也不得不接受亲族的拥戴，负起了为30多人的大家庭寻找饮食的义务。和他同时的何良俊，四友斋丛说的作者，就提到过他在南京为避难的亲族所包围，要求解决吃饭问题。另一位著名的散文家归有光则在信上向朋友诉苦，说他不能避难他迁。因为如果离开昆山，他必须随带“百余口”的族人同行。
这种对宗族的照顾，不是暂时性的责任，也不仅是道德上的义务，而有其深刻的社会经济和历史的背景。
我们的帝国不是一个纯粹的“关闭着的社会”——在那样的社会里，各种职业基本上出于世代相承。——然而它所给予人们选择职业的自由仍然是不多的。一个农民家庭如果企图生活稳定并且获得社会声望，惟一的道路是读书做官。然而这条道路漫漫修远，很难只由一个人或一代人的努力就能达到目的。通常的方式是一家之内创业的祖先不断地劳作，自奉俭的，积殊累寸，首先巩固自己耕地的所有权，然后获得别人耕地的抵押权，由此而逐步上升为他主。这一过程常常需要几代的时间。经济条件初步具备，子孙就得到了受教育的机会。这其中，母亲和妻子的自我牺牲，在多数情形之下也为必不可少。所以表面看来，考场内的笔墨，可以使一代清贫立即成为显达，其实幕后的惨淡经营则历时至久。这种经过多年的奋斗而取得的荣誉，接受者只是一个人或至多几个人，但其基础则为全体家庭。因此，荣誉的获得者必须对家庭负有道义上的全部责任，保持休戚与共的集体观念。
这种集体观念还不止限于一个小家庭的范围之内。一个人读书中举而后成为官员，如果认识到他的成功和几代祖先息息相关，他就不能对他家族中其他成员的福利完全漠视。何况这种关心和帮助也不会全是无偿的支付，因为没有人能够预测自己的子孙在今后不受他们的提携。这种经济上的利害关系被抽象而升华为道德。固然，这种道德观念并不能为全体民众所奉行，从海瑞的文集中可以看到兄弟叔侄间争夺产业以至斗殴致死的事情所在多有。但这种情形正好从反面说明了教养的重要，有教养的人则决不能以利害义。
在整个社会没有为它的成员开放其他门径的时候，多数像李蛰一样的人物，已经不加思考地接受了这种生活方式。如果李蛰回泉州，他必定受到多少族人的期望和逼迫。然而当时的李蛰，已历经生活的折磨，同时又研究过佛家和道家的思想。他在重新考虑生命的意义，重建人生观之余不能再墨守成规。也就是说，他不能把读书、做官、买田这条生活道路视为当然，也亟待摆脱由于血缘关系而产生的集体观念。
对于这样背离传统的行为，他的亲族自然不能善罢甘休。但是亲族的压力越大，他的反抗也越强烈。在给曾继泉的一封信里，李蛰说到他所以落发“则因家中闲杂人等时时望我归去，又时时不远千里来迫我，以俗事强我，故我剃发以示不归，俗事亦决然不肯与理也”所谓闲杂人等，是他的弟兄还是叔侄；俗事，是买田还是建立宗调宗塾，或者竟是利用势力干预词讼，虽然语焉不详，大体上当不出这些范畴。最有趣的是，他的家族不顾他的愿望，仍然指定一个侄子作为他的继承人。这件事引起的反抗方式也同样有趣，他有一封遗书，题名为豫约，其中就提到他的这个侄子“李四官若来，叫他匆假哭作好看，汝等亦决不可遣人报我死”这封遗书草于1596年，上去他削发为僧已有8年。
李蛰所居住的僧院坐落在麻城城外的一座山上，称为“芝怫院’。它不是正式的寺庙而仅仅是私人的佛堂，但规模却颇为宏大。院中有正殿、左右厢房，还有和尚的宿舍和客人的招待所。李蛰自己居住的精舍位于全院的最后山巅之处，极目四望，水光山色尽收眼底。在芝佛院的鼎盛时期，全院有僧侣叙余人，统率众增的方丈则是李蛰的朋友。僧众中有人还带着徒弟、徒孙。
芝佛院始终没有向政府登记，没有领到正式执照，因之也没有向政府纳税。它不属于任何宗派，也没有董事会的管制。李蛰是全院唯一的长老及信托老。其创建和维持的经费，绝大部分来自他一人向外界的捐募。他常常写信给朋友，要求得到“半俸”的援助，或者以“三品之禄，助我一年’。有的朋友，周济他的生活前后达20年。他过去没有经历过富裕的生活，但在创建佛院之后，却没有再出现过穷困的迹象。
在李蛰被任为姚安知府之前，他已经享有思想家的声望，受到不少文人学者的崇拜。这些崇拜者之中有人后来飞黄腾达，或任尚书侍郎，或任总督巡抚。李蛰得到他们的接济，即使不算经常，但也决非绝无仅有。而且这种金钱上的关系还不是单方面的。他的朋友焦域也是一位著名的学者，不善理财，据说穷得“家徒四壁”当焦放的父亲80寿辰，朋辈称临聚会，有的竟不远千里而来。李蛰是这次盛会的襄助者，他写信告诉与会的人，嘱咐他们“舟中多带柴米”
这种方式的金钱周济和往来之不同于一般，在于接受者之间具有共同的思想，或者说共同的目的。从心理学的角度来研究，这种关系还是以道德作为施政方针的副产。因为这种施政方针的思想根据，乃是认为宇宙间的任何事物都息息相关。一个人或一种事物，其所以具有特性或功能，全靠和其他人或其他事物的相互关系。一个人的品质高尚，就因为他的志趣和行为得到别人的赞赏；他的识见深远，就因为他分析理解其他事物的正确。所以人的生活目的，就不能不是合作互助与共同享有。但是，在现实中，为什么所有的人身上都存在或多或少的自私？这个问题使读书明理之人为之不安，而高级官员由于负有治国平天下的重任，其不安尤为严重。按理说，他们所受到的教养，都要求发扬为公众服务的精神；然而一旦接触实际，这种精神常常只是海上神山，或者干脆销声匿迹。自幼有时他们身上的自私苟且，还远过于不识字的愚氓。这种不安，或者由此发展而来的内心交战，需要有一种适当的方式来缓解排除。志趣相投的研究讨论，可以触发彼此的灵感，深入探索人生的真谛，件使内心的不安涣然冰释。所以他们来往密切，集会商谈之余，还互相通信，刊印文集。、李蛰落发为僧以后，仍然经常外出旅行，参加这些活动。在当时，还谈不上旅费必须报销，或者演讲应当收入费用，这些问题，都可以根据习惯，在往来交际之间安排妥帖。以李蛰的名望，加上化线和尚的姿态，他已经用不着再为经济问题而踌躇。
他和耿定向的辩论，促成和巩固了他要求个人自由的信念。多年之后，他仍把这次辩论视为生命中一个重要的转拆点。
1580年，李蛰在姚安辞官离任后，就搬到湖广黄安，在耿家充当门客而兼教师。这时耿定向的父亲去世不久，兄弟4个都在家里丁优守制。这4个人中，李蛰和二兄耿定理的交往特别密切。有人误以为他们两人在思想上比较一致，其实不然。他们之间的差异，较之李蛰和长兄耿定向之间的差异还要大得多。耿定理天资聪颖，同时也是一个诚实的人。如果他发现“四书”“五经”中的理论和他自己的思想有所冲突，他就不能轻易放过，人云亦云。这种矛盾带给他苦恼，也促使他思索，有时候会独自一人在深山穷谷之中徘徊。最后，他终于“豁然贯通”确认儒家的仁就是无我主义，一个人成为圣人，则是把自我之有化而为无，进入了寂灭的境界，以致“无声无臭”这种高悬在空中的理想主义，只能深藏于内心，不能应用于现实，并发展而成为伦理和道德的标准。所以在实际生活中，耿定理从来没有应考，也从来没有做官。然而李蛰则认为“穿衣吃饭，即是人伦物理”这无疑和耿定理的思想判若水火。他们之所以能和睦相处，不在于耿定理学术理论上的弹性，而在于他性格的柔和轻松。他经常以排宗式的机锋，避开辩论中的正面冲突，而以表面上毫不相关的语言，来表示自己的意见，使辩论的对手在思索之后被迫折服。因为他认为自己所掌握的真理，基于识见渊博；如果坚持片面的执拗，就等于放弃了宽阔的胸襟。因此，当耿定理在世之日，总是能够用他特有的方式调解他长兄和李蛰之间的冲突。
在思想史上，长兄耿定向最易为历史学家所误解。他的朋友和论敌李蛰，把他说成一个伪君子；而黄宗费的明儒学案人也指出他思想上前后不符。然则很少有人能看到，这位哲学家同样是在竭力地探求一种既有形而上的根据，又能融合于日常生活的真理。他接受佛家和道家的哲理，认为至善至美属于虚无，但另一方面，却又认为任何信条如果不能在愚夫愚妇面前宣讲明白，则不成其为信条。经过多方考虑，他提出，人的理智有深有线，有粗有细，有的集中，有的分散；在社会生活中，政治与农业不同，农业又与商业不同。基于这样的分析，他已经开始指出了伦理道德的理，应当与物理、地理的理有所区别，因此施政的标准也应当与哲学思想有所区别。这种理论，为当时持一元论的宇宙观者所不能接受。他和李蛰的冲突也无可避免，因为两个人都准备把自己的理论体现于行动之中。于是李蛰指斥耿定向为不诚实，言行不一；耿定向则指斥李蛰以立异为标榜，立异的目的还是立异，所谓放浪形骸，无非是为了博取超凡脱俗的美名。
耿定理在1584年去世。同年耿定向被召回北京任左金都御史。他在信里提出李蛰迷误耿氏子弟，这种指责促使李蛰迁居麻城。多年以后，他还认为这是耿定向有意识地给他以个人侮辱。
李蛰好强善辩，不肯在言辞上为人所授，在做官的时候也经常与上司对抗。和耿定向闹翻之后，他更为重视自己的独立不羁。按本朝的习惯，退休的官员被称为“乡富”也就是意味着他仍然具有官员的身分，要受地方官的节制。地方官可以邀请他协助处理有关的事务，也可以邀请他参与重要的典礼。这种权利和义务，在别人或许会引以为荣，而在李蛰则是精神上的压力。他说：“弃官回家，即属本府本县公祖父母管矣。来而迎，去而送；出分金，摆酒席；出轴金，贺寿旦。一毫不谨，失其欢心，则祸患立至。”剃发为僧，除了避免亲旅的纠缠以外，摆脱这些牵制也是一个重要的因素。
李蛰虽然身入空门，却没有受戒，也不参加僧众的学经祈祷。他喜爱清洁成为癖好，衣服一尘不染，经常扫地，以至“数人缚帚不给”在很多方面，李蛰保持着官僚学者的生活方式。例如，即使是短距离的外出，他仍然乘轿；对于书本不愿亲自阅读，而是让助手朗诵以省目力。
退休以后的十几年，李蛰主要的工作是著述。他的著作大部分都在生前刊刻印行，芝佛院中有一间屋子专门堆放书板。著作的内容非常广泛，包括儒家经典的阐释、历史资料的观察、文学作品的评论以及伦理哲学的发挥，形式则有论文、杂税、诗歌、书信等等。但是涉及面虽然广泛，却并不等于具有多方面的精深造诣。他写作的历史，对史实没有精确的考辨，也没有自成体系的征象。大段文章照史书抄录，所不同的只是按照自己的意见改换章节，编排次序，再加进若干评论。在接触小说的时候，他所着眼的不是作品的艺术价值和创作方法，也就是说，他不去注意作品的主题意义以及故事结构、人物描写、铺陈穿插等等技巧。他离开了文学创作的特点，而专门研究小说中的人物道德是否高尚，行事是否恰当，如同评论真人实事。再则，即使是阐述哲学理论，也往往只从片段下手，写成类似小品文，而缺乏有系统的推敲，作为结构谨严的长篇大论。惟其如此，当日的士人，对于“李氏藏柳、焚抑人一册，以为奇货，就大多感到难于理解。
要正确认识此中关系，务需探求李蛰的写作目的。他的各式各样的著作，无非异途同归，其着眼在把读书人的私人利益与公众的道德相融合。从这点出发，他的写作，有如使用各种乐器演奏同一支交响曲。公私冲突之中能否设法调和？如果他还没有做出恰当的答案，至少已经提出了这个问题。这是一个迫切的问题，对读书人来说，足以影响他们良心与理智的完整性。李蛰自身的经历，使他对问题的认识更为深刻，表达更为有力。所以，他的著作仍能获得读者的欣赏。其中衷曲，在一封写给耿定向的信里发挥得淋漓尽致：
“试观公之行事，殊无甚异于人者。人尽如此，我亦如此，公亦如此。自朝至暮，自有知识以至今日，均以耕田而求食，买地而求种，架屋而求安，读书而求科第，居官而求尊显，博风水以求福荫子孙。种种日用，皆为自己身家计虑，无一厘为人谋者。及乎开口谈学，便说尔为自己，我为他人；尔为自私，我欲利他；我怜东家之饥矣，又思西家之寒难可忍也；某等肯上门教人矣，是孔孟之志也；某等不肯会人，是自私自利之徒也；某行虽不谨，而肯与人为善；某等行虽端谨，而好以佛法害人。以此而观，所讲者未必公之所行，所行者又公之所不讲，算与言顾行、行顾言何异乎？以是谓孔圣之训可乎？翻思此等，反不如市井小夫身履是事，口便说是事，作生意者便说生意，力田者便说力田，凿凿有味，真有德之言，令人听之忘厌倦怠。”
李蛰的难言之隐在于他强烈地抨击了这些人物以后，他还是不得不依赖这些被抨击者的接济而生活。他们的言行不一是一种普遍的社会现象，耿定向不过是比较显著的例子而已。李蛰本人也没有与此绝缘，这就常常使他在对别人作了无情的指责以后，自己感到内疚而稍敛辞锋。对供有当他被别人截击，已经无法退避，他的感情才如长江大河，一发而不可收拾。
在同辈的人物中，李蛰虽然享有比别人更多的自由，但是他终究没有找到他最企盼的独立地位。这种困难和冲突迫使他继续写作，笔下内容仍然不能越出这一问题的范畴。这种情况，连同情他的袁中道也为之不解：既然由于对官僚政治不满而绝意仕进，那就理当息机忘世，以文墨自娱；可是写来写去，还总是和官僚政治有关，加之名望越来越大“祸逐名起”这就无怪乎招致杀身之祸了。
李蛰和耿定向的争论，基于人性的善恶。这个问题所涉及的方面非常广泛，需要从中国哲学史中找出全面的解答。
问题可以追溯到公元前5世纪的春秋时代。孔子没有提到性善或者性恶。他学说中的核心是“仁”“仁”可以为善，一个君子的生活目的就在合于“仁”的要求。
究竟是哪些成分构成了六，孔子没有明确直接的答复。论语一书中，仁宇凡六十六见，但从来没有两处的解释相同。一般来说，仁与慈爱、温和、恻隐、以天下为己任等等观念相通。然而在不同的场合，孔子又赋予仁以不同的概念：“己所不欲，勿施于人’的自我克制，言辞谨慎、按照礼仪行事，都可以算作仁或者接近于仁；出于环境的需要，一个人牺牲自己的生命，也叫做“杀身以成仁”仁是最容易获得的品质，任何人有志于仁，就可以得到仁。但是仁也是最难保持的品质，即在圣贤，例如孔子自己，也难能始终不断地不违反仁。
后世的读者，必须把这些互不关连的语录再三诵读，再三思索，才有可能理解它的真实内涵。综合来说，温和有利，慷慨大方是仁的初级阶段。在向更高阶段迈进的过程中，又必须把自己的思想与言行统统纳入它的规范之内，经过不断的积累而可以到达去私，最终到达无我。这样，仁就是一种强迫性的力量、行动的最高准则、超越人世间的品质，也是生活唯一意义之所在，简直和道家的“道”殊途而同归。
论语中这66条有关仁的语录，为孔子的学说安排了形而上的根据，成为儒家一元论宇宙观的基础。这种学说虽然没有直接指责自私的不合理，但已属不言而喻。因为所谓“自己”不过是一种观念，不能作为一种物质，可以囤积保存。生命的意义，也无非是用来表示对他人的关心。只有做到这一点，它才有永久的价值。这种理想与印度的婆罗门教和佛教的教义相近。印度的思想家认为“自己”是一种幻影，真正存在于人世间的，只有无数的因果循环。儒家的学说指出，一个人必须不断地和外界接触，离开了这接触，这个人就等于一张白纸。在接触中间，他可能表现自私，也可能去组自私而克臻于仁。
按照孔子的看法，一个人虽为圣贤，仍然要经常警惕防范不仁的念头，可见性恶来自先天。然而另一方面，既然每个人都有其发扬保持仁的本能，则同样可以认为性善出于天赋。
孔子去世以后约150年，性善说才首次被明确提出。孟子曾经斩钉截铁地说：“人之性善也，犹水之就下也。人无有不善，水无有不下。”孔孟之间的不同论调，反映了社会环境的变化。孔子的目标，在于期望由像他一样的哲学家和教育家来代替当时诸侯小国中世袭的卿大夫。孟子却生活在一个更加动荡的时代里，其时齐楚之间的王国，采取了全民动员的方式互相争战。这种情形不再允许哲学家以悠闲的情调去研究个人生活的舒畅和美。孟子的迫切任务，在于找到一个强者，这个强者应当具有统一全国的条件，并且能接受儒家学说作为这一大业的基础。他企图以雄辩的言辞说服他的对象，引导他和他的廷臣回到善良的天性之中，有如引导泛滥的洪水归于大海，以避免一场杀人盈野的浩劫。
孔孟之道战胜了诸子百家的理论，从汉朝开始，就成为统治全国的指导思想。时代愈是往前发展，统治者对它的依赖程度也愈大。到10世纪以后，也就是唐宋两代，中国经历了一次巨大的变化：经济的重心，由华北旱田地带移至华中和华南的水田地带。随之产生的显著后果，则是内部的复杂性相继增加。官僚阶层过去为豪门大族所垄断，至此改变而为与绅士阶层相表里。军队中的将领逐渐失去了左右政治的力量，文官政治确立为统治帝国的原则。这种多方的改变，使集权的中央政府不得不创立新的哲学理论，以维系社会上成千成万的优秀分子，即读书的土人。这些土人就是绅士阶层，和以前的门阀士族比较，人数多，流动性大，生活面和知识面也远为广阔。以此，儒家单独的伦理性格已经不能完全适应时代的需要，而必须掺和理智上的新因素，才能适应于新的环境。
针对这种需要，很多学者不断把孔孟的著述加以新的注释，而把这些注释综合调和以构成一种思想系统的，则是宋代的大儒朱直。他是孔孟以后儒家学派中最有影响的思想家，死后被尊为贤人。他对儒家经典的论述具有权威性，他的四书集注入是明朝、清朝两代士人规定的教科书，也是科举考试的标准答案。
他的治学方法被称为“理智化”、“客观”、“归纳法”有时甚至被认为有“科学”的根据。未亮对过去的历史和哲学著作熟读深思，进行整理。他的结论是，历史上各个朝代的盛衰兴亡，以及宇宙中的各种自然现象，都有共通的原则，而且彼此印证。其学说的基础，乃是宇宙和人间的各种事物都由“气”构成，通过“理”的不同形式而成为不同的“物”这所谓“物”包括具体的事物如日月星辰，也包括抽象的伦理如孝梯忠信。这种把具体和抽象混为一谈的方法，是中国思想家的传统习惯，也合于他们一无论的宇宙观。因为他们认为，一个人看到一件事物，这种事物就不是孤立的，不可能与环境隔离。他们着重于事物的功能。一件事物具有特性，就是因为它和其他事物发生了关系。白色的东西有白色的特质，是因为有光线的反射，见于人眼。这也就是说，凡“物”皆有动作，光线的反射见于人眼是一种动作，为人忠孝也是一种动作。运用这样的观点，未竟把雷霆和鞭炮看成相似之物，因为两者都是“郁积之气”企图发散。
孔子的仁，孟子的性善论，乃至中国社会传统的组织和习惯，都被朱熹视为“天理”但是人可能违反天理，因为各人秉气不同，有清有浊。如果浊气抬头，天理就被“人欲”所取代。补救的办法是“格物”也就是接受事物和观察、研究事物。他说：“所谓致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而穷其理也。盖人心之灵，莫不有知，而天下之物，莫不有理。”通过格物，可以使人发现天理。
事实上，朱熹所使用的方法并不是归纳法，也很难说得上科学性。用类比以说明主题，是战国时代的思想家和政治家常常使用的方法。孟子以水之就下比喻人之性善，其实人性与水性并没有联系，所谓相似，不过是存在于孟子的主观之中。朱熹的格物，在方法上也与之相同。在很多场合之下，他假借现实的形态以描写一种抽象的观念。他认为一草一木都包涵了“理”因此他所格的“物”包括自然界。在他看来，传统的社会习惯，乃是人的天赋性格。但是他在作出结论时，却总是用自然界之“理”去支持孔孟伦理之“理”这也就是以类似之处代替逻辑。
对未合的思想系统，可以从不同的角度批判。其中重要的一个方面是，假如人之愚顽不肖，如他所说在于气浊，则这种生理性的缺点就应当采取机械性的方式补救，例如着眼于遗传，或者如道家的注重吐纳。然而朱莲反对这样的办法。他认为这些气浊的人应该接受教育，经过不断的努力，才可能接近真理。这样一来，朱熹之一个全体的、有组织的宇宙，已成问题，即伦理之理有别于物理之理。
大凡高度的概括，总带有想象的成分。尤其是在现代科学尚未发达的时代，哲学家不可能说明宇宙就是这样，而只能假定宇宙就是这样。在这一点上，朱熹和其他哲学家并无区别。既然如此，他所使用的方法就是一种浪费。他的植物，要求别人接触植物、地质、历史和地理等各个学科，但目的不在这些学科的本身上追求真理。因为对任何问题，他的结论已作出于观察之先，而且作出这些结论的也不是他自己，而是孔子和孟子。既然如此，人们就不能不产生疑问：这种博学多闻是否有确切的需要，也就是说，朱景的成就，是否能和他付出的精力相当？
朱熹治学的方法可谓“支离”避免这样支离，另有捷径。此即以每一个人自己的心理，作为结构宇宙的工具，而所谓心理，即包括视觉和听觉，也包括直觉和灵感。宇宙的自然法则和社会的伦理道德合为一体，很难获得实证，但在心理上却可以不言自明。宇宙的伟大与完美，无须有赖分析，就可以在个人的心理上引起合群为善的精神，从而自然而然地领悟到社会道德的真谛。其最高境界，可以使人摆脱日常生活的忧虑，心灵上达到澄澈超然。持这种看法的人，常说“将发未发之际”也就是杂念冰消、情绪宁静之际，此时视觉、听觉、触觉还没有全部开动，而是凭个人的直觉可以领会到宇宙间一种无可形容的美感。
以这种方法治学是为“心学”和朱熹的“理学”相对。心学派反对理学派累赘的格物致知，提倡直接追求心理的“自然自在”；理学派则认为心学派也大有可以非议之处：宇宙的真实性如果存在于人的心中，任何人都可以由于心的开闭而承认或者拒绝这一真实性。这样，世间的真理就失去了客观的价值，儒家所提倡的宇宙的一元化和道家的“道”、释家的“无’电很难再有区别。一个人可以用参梯的方式寻求顿悟，顿悟之后，所获得澄澈超然的乐趣仅止于一身，而对社会的道德伦理则不再负有责任。耿定理的终身不士就是一例。再则，儒家的经典一贯是土大夫行动的标准和议论的根据，而心学一经风行，各人以直觉为主宰，全部经典就可以弃置不顾。李蛰全凭个人的直觉和见解解释经典又是一例。
如果知识分子放弃了正统的儒家观念，则王朝的安全会立即受到威胁。知识分子在政治上是政府中的各级官员，在经济上是中等以上的地主，因而也是这个社会的真正主人。而正统的儒家观念又是维系他们的纽带，除此而外，再无别的因素足以使他们相聚一堂，和衷共济。所以李蛰在晚年被捕入狱，虽然也被指控为行为不检，但审判官在审讯的时候对此并不斤斤计筑所注意的乃是他“惑世诬民”的著作。李蛰本人也早就预感到了这一点。他把他的一部著作题为焚书人意思是早晚必将付之一炬；另一部著作题为藏书人意思是有干时议，必须藏之名山，等待适当的时机再行传播。
李蛰与耿定向决裂以后，随即公布了他写给耿定向的函件，指斥他的虚伪。耿定向以眼还眼，如法炮制，也把他写给另一位朋友的信广为抄传，信上说：“昔颜山农（颜钧）于讲学会中忽起就地打滚，曰：“试看我良知！”士友至今传为笑柄。”在这一似乎是漫不经意的开场之后，他跟着就指出，李蛰的种种古怪行为，... -->>
1602年，李赞在狱中以剃刀自刎，死后，被称为牺牲自我。这一评论不能不使人感到怀疑。李蛰的著作不穿于当时而屡被官方禁止，但是仰慕他的人则不顾禁令而不断加以重印。这些著作，虽然篇幅浩瀚，然而并没有在历史上开拓出一条新路。李费并不缺乏勇气，但是通常来说，这样类型的作家如果发现了崇高的真理而愿意为之牺牲自己，他的文字中间就会表现一种燃烧性的自我满足和欣快。这些特点不能在李蛰的著作中见到。
少数的评论者，竟说李赞站到了下层民众的立场上，批判了剥削农民的地主阶级。这种论调自然更属于无稽。他在1580年离开姚安知府的职务以后，一直倚靠朋友中地主外上的周济以维持生活，而他从也不觉得接受这些周济有任何不妥。这个社会容许他不耕而食，但是他从来没有提出应当改组。如果在某些地方批判了他的地主官僚朋友，那也只是着眼在私人的性格和品德，而从没有提到经济立场，同时他也明确指出这种评语可以同样适用于自己。在若干场合，他一方面自我批评，一方面又自我怜惜。在给侍郎周思敬的信里，他说：“今年不死，明年不死，年年等死，等不出死，反等出祸。然而祸来又不即来，等死又不即死，真令人叹尘世苦海之难逃也。可如何！’丁目在这种语调中看不出丝毫自我牺牲的意味，也就是说，写信的人并没有能以燃犀烛照的锐利眼光看透社会的病弊，立下“与汝偕亡”的决心。
但是李蛰对这个社会具有理智上的关心，则属毫无疑义。这种关心和信仰自由有其相通之处，在它的后面有社会经济的背景，也有与他所处的社会环境有特别的关联，而其个人的心理上和哲学上的特点尤其不能忽视。这些条件只能更把李蛰构成为一位特色鲜明的中国学者，而不是一位在类似条件下的欧洲式的人物。
李蛰是儒家的信徒。1587年以前，他已经按照儒家的伦理原则完成了对家庭应尽的一切义务。次年，他即制发为僧，时年六十一。剃发的原因是他的环境已经允许他抛却呆板、拘束的生活，得以寻求个性的自由发展。这不等同于一般意义上的遁世，不论从理智上看还是从社会关系上看，他此后的言行实际上代表了全国文人的良心。当被捕后接受讯问，他回答说：“罪人著书甚多具在，于圣教有益无损。’这种精神和路德的倔强相似。他认为每个人都可以根据自己的意见解释经典，这也和宗教革命的宗旨，即见信徒即为长老的态度相似。但李蛰没有路德的自恃，也缺乏伊拉斯漠斯的自信。在他自裁以后气绝以前，他用手指写了王维的一句诗以解释他的死因：“七十老翁何所求！”其消极悲观的情绪已显然可见。
李蛰的悲观不仅属于个人，也属于他所生活的时代。传统的政治已经凝固，类似宗教改革或者文艺复兴的新生命无法在这样的环境中孕育。社会环境把个人理智上的自由压缩在极小的限度之内，人的廉洁和诚信，也只能长为灌木，不能形成丛林。都御史耿定向是李蛰的朋友、居停和论辩的对手，李蛰曾屡屡对他作过不留情面的抨击，批评他缺乏诚信。然而，李赞还以同样不留情面的态度解剖自己，指责自己缺乏诚信：“志在温饱，而自谓伯夷叔齐：质本齐人，而自谓饱道沃德。分明一介不与，而以有等借口；分明毫毛不拔，而谓杨朱贼仁。动与物免心与回违。”他还怀疑自己用佛门的袈裟遮掩了“商贾之行之心’“以欺世盗名”这种奇怪现象的症结，在于内心矛盾的剧烈交战而无法自解。
李蛰于1527年生于福建泉州。他的家族原姓林，后来改姓李。六世祖林写是泉州的巨商，以贸易往来于波斯湾，娶“色目女”可能就是印度欧罗巴种的女人。在其后相当的时间内，他的祖先仍然和混血的家庭和伊斯兰教的信仰者往来，一直到曾祖父一代，他家庭中的国际色彩才归于消失，李蛰本人则从小就在中国传统文化的影响下长大成人。
到李蛰这一代，他的家道早已中落。1552年，他得中举人。中举后因为经济困难，不能再耐心拼得进土及第的资格，即要求循例在政府中任职。之后，他多年沉浮于下僚，位卑俸微，郁郁不得志。1559年，又因为父亲死去而停职丁优。服满后入京求职，等待了一年零八个月，才得到了一个国子监教官的职位。候补期间，以教书糊口。他生有4个儿子3个女儿，但除了大女儿以外，其他都不幸夭殇。据李蛰自己说，有一次他有7天没有吃到多少东西，最后甚至饥不择食，不能分辨“稻粱”和“黍稷”的差别。
1563年，他的祖父去世。上司和朋友根据当时的习惯，送给了他相当丰厚的蹲仪。至此，他下了一个重要的决心。他把全部款项的一半在他做过教官的河南购置地产一处，以为妻女衣食之资，让她们留在河南，余下的一半则由他自己携回福建。他所需要安葬的不仅是新去世的祖父，而且还有祖先三代的灵柩五口。按照一般的风俗，安葬先人，必须讲求风水，选择吉地，以期后人的飞黄腾达，否则宁可把灵柩长期停放。当时，李蛰还在文官的下层中挣扎，虽然祖父刚刚去世，但是曾祖父的灵柩已经停放了50年，环境逼迫他迁就现实，在可能的条件下一起埋葬，但求入土为安而不再作过高的奢望。这一问题的解决，多年之后还使李蛰感到已经格尽了自己的职责。
然而这一个决定却增加了他妻子的负担。她不愿意在去家数千里之外无依无靠地独撑门户，而且她也有自己的学思。她的母亲年轻时居捐，历经辛苦，把她抚育成人，这时由于思念女儿，朝夕哭泣至于“双眼盲矣”但是李蛰手头的款项毕竟有限，不可能在丧葬之外再携家往返，所以只能忍心拒绝了她一起返回泉州的请求。他们一别三年，等到重新聚首，她才告诉他两个女儿因为当地饥道，营养不良而死。这一不幸的消息当然使他伤痛不已，当晚与妻子“秉烛相对，真如梦寐”
李蛰在河南共城任儒学教谕3年，在南京和北京国子监任教官各数月，在礼部任司务5年，又调任南京刑部员外郎又近5年，最后才被任为云南姚安府知府，时在1577年。在就任知府以前，他的官俸极为微薄，甚至不足糊口。只有在知府任上，才有了各项“常例”和其他收入，逐渐有所积蓄。
这种似合法又似非法的收入并没有使李蛰感到不安。他并不像海瑞一样，以为官俸定额以外的一丝一毫收入都属于贪污。他以特行卓识而见称于当代和后世，但在这个问题上却和常人有相同的看法，即做官的目的本来就是名利。他的诚实在于能够坦白承认这一目的，而不打出去绝私欲、为国为民等等高尚的幌子。这就接触到了一个更为根本的问题：我们是否应该让每个人公开承认自己的私心也就是自己的个人打算，以免口是心非而阴阳混淆？
使李蛰感到不安的倒是他的妻子。她是一位标准的贤妻良母，只要对丈夫的事业有利，她能够忍受一切乃至牺牲一切，但是她不能理解丈夫的精神世界。他一心想要创造独立的思想和人格，离开了独立，他的内心就得不到满足。也是基于这种精神，在1580年姚安府任满以后他决定退休。当时他年方53岁，正值官运亨通，一帆风顺，这种出乎意外的决定对她也不能不是一种打击。然而她依然是顺从，和丈夫一起迁到湖广黄安，寄居在耿氏兄弟家里。可是李赞后来又和耿定向闹翻，又决意搬到附近麻城的佛堂中去居住，她这才不得不独自回到离别了20年的故乡泉州。直到1587年，她临死以前，她曾多少破向他呼吁，要他回到泉州。当她的死讯传来，李蛰曾写了6首诗表达当时的伤感。诗中称赞她的贤淑，说“慈心能割有，约已善治家”夫妻40年来未曾反目，只是由于不能理解“丈夫志四海”的宏献，在给女婿的信里，李蛰提到在听到噩耗以后，没有一夜不梦见她，文字的凄怆，令人不忍卒读。好几年以后，他还劝告朋友不要轻易削发为僧，尤其是有近亲的人更要三思而后行。这种劝告，不妨看成这位充满矛盾的哲学家的一次自我忏悔。
李蛰的一意孤行，一定要和两千年来根深蒂固的家族观念联系起来观察，才能使人理解。因为按照当时的习惯，他一旦回到泉州，他所需要照顾的决不能仅止于自己的家庭。他是族中有名望的人物，又做过知府，那就一定会陷入无数的邀劝纠缠之中而不可自拔。
早在二三十年前，在丧父家居的时候，李蛰就已经有了这种经验。当时倭寇犯境，城市中食物奇缺。他虽然只是一个最低级的文官，也不得不接受亲族的拥戴，负起了为30多人的大家庭寻找饮食的义务。和他同时的何良俊，四友斋丛说的作者，就提到过他在南京为避难的亲族所包围，要求解决吃饭问题。另一位著名的散文家归有光则在信上向朋友诉苦，说他不能避难他迁。因为如果离开昆山，他必须随带“百余口”的族人同行。
这种对宗族的照顾，不是暂时性的责任，也不仅是道德上的义务，而有其深刻的社会经济和历史的背景。
我们的帝国不是一个纯粹的“关闭着的社会”——在那样的社会里，各种职业基本上出于世代相承。——然而它所给予人们选择职业的自由仍然是不多的。一个农民家庭如果企图生活稳定并且获得社会声望，惟一的道路是读书做官。然而这条道路漫漫修远，很难只由一个人或一代人的努力就能达到目的。通常的方式是一家之内创业的祖先不断地劳作，自奉俭的，积殊累寸，首先巩固自己耕地的所有权，然后获得别人耕地的抵押权，由此而逐步上升为他主。这一过程常常需要几代的时间。经济条件初步具备，子孙就得到了受教育的机会。这其中，母亲和妻子的自我牺牲，在多数情形之下也为必不可少。所以表面看来，考场内的笔墨，可以使一代清贫立即成为显达，其实幕后的惨淡经营则历时至久。这种经过多年的奋斗而取得的荣誉，接受者只是一个人或至多几个人，但其基础则为全体家庭。因此，荣誉的获得者必须对家庭负有道义上的全部责任，保持休戚与共的集体观念。
这种集体观念还不止限于一个小家庭的范围之内。一个人读书中举而后成为官员，如果认识到他的成功和几代祖先息息相关，他就不能对他家族中其他成员的福利完全漠视。何况这种关心和帮助也不会全是无偿的支付，因为没有人能够预测自己的子孙在今后不受他们的提携。这种经济上的利害关系被抽象而升华为道德。固然，这种道德观念并不能为全体民众所奉行，从海瑞的文集中可以看到兄弟叔侄间争夺产业以至斗殴致死的事情所在多有。但这种情形正好从反面说明了教养的重要，有教养的人则决不能以利害义。
在整个社会没有为它的成员开放其他门径的时候，多数像李蛰一样的人物，已经不加思考地接受了这种生活方式。如果李蛰回泉州，他必定受到多少族人的期望和逼迫。然而当时的李蛰，已历经生活的折磨，同时又研究过佛家和道家的思想。他在重新考虑生命的意义，重建人生观之余不能再墨守成规。也就是说，他不能把读书、做官、买田这条生活道路视为当然，也亟待摆脱由于血缘关系而产生的集体观念。
对于这样背离传统的行为，他的亲族自然不能善罢甘休。但是亲族的压力越大，他的反抗也越强烈。在给曾继泉的一封信里，李蛰说到他所以落发“则因家中闲杂人等时时望我归去，又时时不远千里来迫我，以俗事强我，故我剃发以示不归，俗事亦决然不肯与理也”所谓闲杂人等，是他的弟兄还是叔侄；俗事，是买田还是建立宗调宗塾，或者竟是利用势力干预词讼，虽然语焉不详，大体上当不出这些范畴。最有趣的是，他的家族不顾他的愿望，仍然指定一个侄子作为他的继承人。这件事引起的反抗方式也同样有趣，他有一封遗书，题名为豫约，其中就提到他的这个侄子“李四官若来，叫他匆假哭作好看，汝等亦决不可遣人报我死”这封遗书草于1596年，上去他削发为僧已有8年。
李蛰所居住的僧院坐落在麻城城外的一座山上，称为“芝怫院’。它不是正式的寺庙而仅仅是私人的佛堂，但规模却颇为宏大。院中有正殿、左右厢房，还有和尚的宿舍和客人的招待所。李蛰自己居住的精舍位于全院的最后山巅之处，极目四望，水光山色尽收眼底。在芝佛院的鼎盛时期，全院有僧侣叙余人，统率众增的方丈则是李蛰的朋友。僧众中有人还带着徒弟、徒孙。
芝佛院始终没有向政府登记，没有领到正式执照，因之也没有向政府纳税。它不属于任何宗派，也没有董事会的管制。李蛰是全院唯一的长老及信托老。其创建和维持的经费，绝大部分来自他一人向外界的捐募。他常常写信给朋友，要求得到“半俸”的援助，或者以“三品之禄，助我一年’。有的朋友，周济他的生活前后达20年。他过去没有经历过富裕的生活，但在创建佛院之后，却没有再出现过穷困的迹象。
在李蛰被任为姚安知府之前，他已经享有思想家的声望，受到不少文人学者的崇拜。这些崇拜者之中有人后来飞黄腾达，或任尚书侍郎，或任总督巡抚。李蛰得到他们的接济，即使不算经常，但也决非绝无仅有。而且这种金钱上的关系还不是单方面的。他的朋友焦域也是一位著名的学者，不善理财，据说穷得“家徒四壁”当焦放的父亲80寿辰，朋辈称临聚会，有的竟不远千里而来。李蛰是这次盛会的襄助者，他写信告诉与会的人，嘱咐他们“舟中多带柴米”
这种方式的金钱周济和往来之不同于一般，在于接受者之间具有共同的思想，或者说共同的目的。从心理学的角度来研究，这种关系还是以道德作为施政方针的副产。因为这种施政方针的思想根据，乃是认为宇宙间的任何事物都息息相关。一个人或一种事物，其所以具有特性或功能，全靠和其他人或其他事物的相互关系。一个人的品质高尚，就因为他的志趣和行为得到别人的赞赏；他的识见深远，就因为他分析理解其他事物的正确。所以人的生活目的，就不能不是合作互助与共同享有。但是，在现实中，为什么所有的人身上都存在或多或少的自私？这个问题使读书明理之人为之不安，而高级官员由于负有治国平天下的重任，其不安尤为严重。按理说，他们所受到的教养，都要求发扬为公众服务的精神；然而一旦接触实际，这种精神常常只是海上神山，或者干脆销声匿迹。自幼有时他们身上的自私苟且，还远过于不识字的愚氓。这种不安，或者由此发展而来的内心交战，需要有一种适当的方式来缓解排除。志趣相投的研究讨论，可以触发彼此的灵感，深入探索人生的真谛，件使内心的不安涣然冰释。所以他们来往密切，集会商谈之余，还互相通信，刊印文集。、李蛰落发为僧以后，仍然经常外出旅行，参加这些活动。在当时，还谈不上旅费必须报销，或者演讲应当收入费用，这些问题，都可以根据习惯，在往来交际之间安排妥帖。以李蛰的名望，加上化线和尚的姿态，他已经用不着再为经济问题而踌躇。
他和耿定向的辩论，促成和巩固了他要求个人自由的信念。多年之后，他仍把这次辩论视为生命中一个重要的转拆点。
1580年，李蛰在姚安辞官离任后，就搬到湖广黄安，在耿家充当门客而兼教师。这时耿定向的父亲去世不久，兄弟4个都在家里丁优守制。这4个人中，李蛰和二兄耿定理的交往特别密切。有人误以为他们两人在思想上比较一致，其实不然。他们之间的差异，较之李蛰和长兄耿定向之间的差异还要大得多。耿定理天资聪颖，同时也是一个诚实的人。如果他发现“四书”“五经”中的理论和他自己的思想有所冲突，他就不能轻易放过，人云亦云。这种矛盾带给他苦恼，也促使他思索，有时候会独自一人在深山穷谷之中徘徊。最后，他终于“豁然贯通”确认儒家的仁就是无我主义，一个人成为圣人，则是把自我之有化而为无，进入了寂灭的境界，以致“无声无臭”这种高悬在空中的理想主义，只能深藏于内心，不能应用于现实，并发展而成为伦理和道德的标准。所以在实际生活中，耿定理从来没有应考，也从来没有做官。然而李蛰则认为“穿衣吃饭，即是人伦物理”这无疑和耿定理的思想判若水火。他们之所以能和睦相处，不在于耿定理学术理论上的弹性，而在于他性格的柔和轻松。他经常以排宗式的机锋，避开辩论中的正面冲突，而以表面上毫不相关的语言，来表示自己的意见，使辩论的对手在思索之后被迫折服。因为他认为自己所掌握的真理，基于识见渊博；如果坚持片面的执拗，就等于放弃了宽阔的胸襟。因此，当耿定理在世之日，总是能够用他特有的方式调解他长兄和李蛰之间的冲突。
在思想史上，长兄耿定向最易为历史学家所误解。他的朋友和论敌李蛰，把他说成一个伪君子；而黄宗费的明儒学案人也指出他思想上前后不符。然则很少有人能看到，这位哲学家同样是在竭力地探求一种既有形而上的根据，又能融合于日常生活的真理。他接受佛家和道家的哲理，认为至善至美属于虚无，但另一方面，却又认为任何信条如果不能在愚夫愚妇面前宣讲明白，则不成其为信条。经过多方考虑，他提出，人的理智有深有线，有粗有细，有的集中，有的分散；在社会生活中，政治与农业不同，农业又与商业不同。基于这样的分析，他已经开始指出了伦理道德的理，应当与物理、地理的理有所区别，因此施政的标准也应当与哲学思想有所区别。这种理论，为当时持一元论的宇宙观者所不能接受。他和李蛰的冲突也无可避免，因为两个人都准备把自己的理论体现于行动之中。于是李蛰指斥耿定向为不诚实，言行不一；耿定向则指斥李蛰以立异为标榜，立异的目的还是立异，所谓放浪形骸，无非是为了博取超凡脱俗的美名。
耿定理在1584年去世。同年耿定向被召回北京任左金都御史。他在信里提出李蛰迷误耿氏子弟，这种指责促使李蛰迁居麻城。多年以后，他还认为这是耿定向有意识地给他以个人侮辱。
李蛰好强善辩，不肯在言辞上为人所授，在做官的时候也经常与上司对抗。和耿定向闹翻之后，他更为重视自己的独立不羁。按本朝的习惯，退休的官员被称为“乡富”也就是意味着他仍然具有官员的身分，要受地方官的节制。地方官可以邀请他协助处理有关的事务，也可以邀请他参与重要的典礼。这种权利和义务，在别人或许会引以为荣，而在李蛰则是精神上的压力。他说：“弃官回家，即属本府本县公祖父母管矣。来而迎，去而送；出分金，摆酒席；出轴金，贺寿旦。一毫不谨，失其欢心，则祸患立至。”剃发为僧，除了避免亲旅的纠缠以外，摆脱这些牵制也是一个重要的因素。
李蛰虽然身入空门，却没有受戒，也不参加僧众的学经祈祷。他喜爱清洁成为癖好，衣服一尘不染，经常扫地，以至“数人缚帚不给”在很多方面，李蛰保持着官僚学者的生活方式。例如，即使是短距离的外出，他仍然乘轿；对于书本不愿亲自阅读，而是让助手朗诵以省目力。
退休以后的十几年，李蛰主要的工作是著述。他的著作大部分都在生前刊刻印行，芝佛院中有一间屋子专门堆放书板。著作的内容非常广泛，包括儒家经典的阐释、历史资料的观察、文学作品的评论以及伦理哲学的发挥，形式则有论文、杂税、诗歌、书信等等。但是涉及面虽然广泛，却并不等于具有多方面的精深造诣。他写作的历史，对史实没有精确的考辨，也没有自成体系的征象。大段文章照史书抄录，所不同的只是按照自己的意见改换章节，编排次序，再加进若干评论。在接触小说的时候，他所着眼的不是作品的艺术价值和创作方法，也就是说，他不去注意作品的主题意义以及故事结构、人物描写、铺陈穿插等等技巧。他离开了文学创作的特点，而专门研究小说中的人物道德是否高尚，行事是否恰当，如同评论真人实事。再则，即使是阐述哲学理论，也往往只从片段下手，写成类似小品文，而缺乏有系统的推敲，作为结构谨严的长篇大论。惟其如此，当日的士人，对于“李氏藏柳、焚抑人一册，以为奇货，就大多感到难于理解。
要正确认识此中关系，务需探求李蛰的写作目的。他的各式各样的著作，无非异途同归，其着眼在把读书人的私人利益与公众的道德相融合。从这点出发，他的写作，有如使用各种乐器演奏同一支交响曲。公私冲突之中能否设法调和？如果他还没有做出恰当的答案，至少已经提出了这个问题。这是一个迫切的问题，对读书人来说，足以影响他们良心与理智的完整性。李蛰自身的经历，使他对问题的认识更为深刻，表达更为有力。所以，他的著作仍能获得读者的欣赏。其中衷曲，在一封写给耿定向的信里发挥得淋漓尽致：
“试观公之行事，殊无甚异于人者。人尽如此，我亦如此，公亦如此。自朝至暮，自有知识以至今日，均以耕田而求食，买地而求种，架屋而求安，读书而求科第，居官而求尊显，博风水以求福荫子孙。种种日用，皆为自己身家计虑，无一厘为人谋者。及乎开口谈学，便说尔为自己，我为他人；尔为自私，我欲利他；我怜东家之饥矣，又思西家之寒难可忍也；某等肯上门教人矣，是孔孟之志也；某等不肯会人，是自私自利之徒也；某行虽不谨，而肯与人为善；某等行虽端谨，而好以佛法害人。以此而观，所讲者未必公之所行，所行者又公之所不讲，算与言顾行、行顾言何异乎？以是谓孔圣之训可乎？翻思此等，反不如市井小夫身履是事，口便说是事，作生意者便说生意，力田者便说力田，凿凿有味，真有德之言，令人听之忘厌倦怠。”
李蛰的难言之隐在于他强烈地抨击了这些人物以后，他还是不得不依赖这些被抨击者的接济而生活。他们的言行不一是一种普遍的社会现象，耿定向不过是比较显著的例子而已。李蛰本人也没有与此绝缘，这就常常使他在对别人作了无情的指责以后，自己感到内疚而稍敛辞锋。对供有当他被别人截击，已经无法退避，他的感情才如长江大河，一发而不可收拾。
在同辈的人物中，李蛰虽然享有比别人更多的自由，但是他终究没有找到他最企盼的独立地位。这种困难和冲突迫使他继续写作，笔下内容仍然不能越出这一问题的范畴。这种情况，连同情他的袁中道也为之不解：既然由于对官僚政治不满而绝意仕进，那就理当息机忘世，以文墨自娱；可是写来写去，还总是和官僚政治有关，加之名望越来越大“祸逐名起”这就无怪乎招致杀身之祸了。
李蛰和耿定向的争论，基于人性的善恶。这个问题所涉及的方面非常广泛，需要从中国哲学史中找出全面的解答。
问题可以追溯到公元前5世纪的春秋时代。孔子没有提到性善或者性恶。他学说中的核心是“仁”“仁”可以为善，一个君子的生活目的就在合于“仁”的要求。
究竟是哪些成分构成了六，孔子没有明确直接的答复。论语一书中，仁宇凡六十六见，但从来没有两处的解释相同。一般来说，仁与慈爱、温和、恻隐、以天下为己任等等观念相通。然而在不同的场合，孔子又赋予仁以不同的概念：“己所不欲，勿施于人’的自我克制，言辞谨慎、按照礼仪行事，都可以算作仁或者接近于仁；出于环境的需要，一个人牺牲自己的生命，也叫做“杀身以成仁”仁是最容易获得的品质，任何人有志于仁，就可以得到仁。但是仁也是最难保持的品质，即在圣贤，例如孔子自己，也难能始终不断地不违反仁。
后世的读者，必须把这些互不关连的语录再三诵读，再三思索，才有可能理解它的真实内涵。综合来说，温和有利，慷慨大方是仁的初级阶段。在向更高阶段迈进的过程中，又必须把自己的思想与言行统统纳入它的规范之内，经过不断的积累而可以到达去私，最终到达无我。这样，仁就是一种强迫性的力量、行动的最高准则、超越人世间的品质，也是生活唯一意义之所在，简直和道家的“道”殊途而同归。
论语中这66条有关仁的语录，为孔子的学说安排了形而上的根据，成为儒家一元论宇宙观的基础。这种学说虽然没有直接指责自私的不合理，但已属不言而喻。因为所谓“自己”不过是一种观念，不能作为一种物质，可以囤积保存。生命的意义，也无非是用来表示对他人的关心。只有做到这一点，它才有永久的价值。这种理想与印度的婆罗门教和佛教的教义相近。印度的思想家认为“自己”是一种幻影，真正存在于人世间的，只有无数的因果循环。儒家的学说指出，一个人必须不断地和外界接触，离开了这接触，这个人就等于一张白纸。在接触中间，他可能表现自私，也可能去组自私而克臻于仁。
按照孔子的看法，一个人虽为圣贤，仍然要经常警惕防范不仁的念头，可见性恶来自先天。然而另一方面，既然每个人都有其发扬保持仁的本能，则同样可以认为性善出于天赋。
孔子去世以后约150年，性善说才首次被明确提出。孟子曾经斩钉截铁地说：“人之性善也，犹水之就下也。人无有不善，水无有不下。”孔孟之间的不同论调，反映了社会环境的变化。孔子的目标，在于期望由像他一样的哲学家和教育家来代替当时诸侯小国中世袭的卿大夫。孟子却生活在一个更加动荡的时代里，其时齐楚之间的王国，采取了全民动员的方式互相争战。这种情形不再允许哲学家以悠闲的情调去研究个人生活的舒畅和美。孟子的迫切任务，在于找到一个强者，这个强者应当具有统一全国的条件，并且能接受儒家学说作为这一大业的基础。他企图以雄辩的言辞说服他的对象，引导他和他的廷臣回到善良的天性之中，有如引导泛滥的洪水归于大海，以避免一场杀人盈野的浩劫。
孔孟之道战胜了诸子百家的理论，从汉朝开始，就成为统治全国的指导思想。时代愈是往前发展，统治者对它的依赖程度也愈大。到10世纪以后，也就是唐宋两代，中国经历了一次巨大的变化：经济的重心，由华北旱田地带移至华中和华南的水田地带。随之产生的显著后果，则是内部的复杂性相继增加。官僚阶层过去为豪门大族所垄断，至此改变而为与绅士阶层相表里。军队中的将领逐渐失去了左右政治的力量，文官政治确立为统治帝国的原则。这种多方的改变，使集权的中央政府不得不创立新的哲学理论，以维系社会上成千成万的优秀分子，即读书的土人。这些土人就是绅士阶层，和以前的门阀士族比较，人数多，流动性大，生活面和知识面也远为广阔。以此，儒家单独的伦理性格已经不能完全适应时代的需要，而必须掺和理智上的新因素，才能适应于新的环境。
针对这种需要，很多学者不断把孔孟的著述加以新的注释，而把这些注释综合调和以构成一种思想系统的，则是宋代的大儒朱直。他是孔孟以后儒家学派中最有影响的思想家，死后被尊为贤人。他对儒家经典的论述具有权威性，他的四书集注入是明朝、清朝两代士人规定的教科书，也是科举考试的标准答案。
他的治学方法被称为“理智化”、“客观”、“归纳法”有时甚至被认为有“科学”的根据。未亮对过去的历史和哲学著作熟读深思，进行整理。他的结论是，历史上各个朝代的盛衰兴亡，以及宇宙中的各种自然现象，都有共通的原则，而且彼此印证。其学说的基础，乃是宇宙和人间的各种事物都由“气”构成，通过“理”的不同形式而成为不同的“物”这所谓“物”包括具体的事物如日月星辰，也包括抽象的伦理如孝梯忠信。这种把具体和抽象混为一谈的方法，是中国思想家的传统习惯，也合于他们一无论的宇宙观。因为他们认为，一个人看到一件事物，这种事物就不是孤立的，不可能与环境隔离。他们着重于事物的功能。一件事物具有特性，就是因为它和其他事物发生了关系。白色的东西有白色的特质，是因为有光线的反射，见于人眼。这也就是说，凡“物”皆有动作，光线的反射见于人眼是一种动作，为人忠孝也是一种动作。运用这样的观点，未竟把雷霆和鞭炮看成相似之物，因为两者都是“郁积之气”企图发散。
孔子的仁，孟子的性善论，乃至中国社会传统的组织和习惯，都被朱熹视为“天理”但是人可能违反天理，因为各人秉气不同，有清有浊。如果浊气抬头，天理就被“人欲”所取代。补救的办法是“格物”也就是接受事物和观察、研究事物。他说：“所谓致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而穷其理也。盖人心之灵，莫不有知，而天下之物，莫不有理。”通过格物，可以使人发现天理。
事实上，朱熹所使用的方法并不是归纳法，也很难说得上科学性。用类比以说明主题，是战国时代的思想家和政治家常常使用的方法。孟子以水之就下比喻人之性善，其实人性与水性并没有联系，所谓相似，不过是存在于孟子的主观之中。朱熹的格物，在方法上也与之相同。在很多场合之下，他假借现实的形态以描写一种抽象的观念。他认为一草一木都包涵了“理”因此他所格的“物”包括自然界。在他看来，传统的社会习惯，乃是人的天赋性格。但是他在作出结论时，却总是用自然界之“理”去支持孔孟伦理之“理”这也就是以类似之处代替逻辑。
对未合的思想系统，可以从不同的角度批判。其中重要的一个方面是，假如人之愚顽不肖，如他所说在于气浊，则这种生理性的缺点就应当采取机械性的方式补救，例如着眼于遗传，或者如道家的注重吐纳。然而朱莲反对这样的办法。他认为这些气浊的人应该接受教育，经过不断的努力，才可能接近真理。这样一来，朱熹之一个全体的、有组织的宇宙，已成问题，即伦理之理有别于物理之理。
大凡高度的概括，总带有想象的成分。尤其是在现代科学尚未发达的时代，哲学家不可能说明宇宙就是这样，而只能假定宇宙就是这样。在这一点上，朱熹和其他哲学家并无区别。既然如此，他所使用的方法就是一种浪费。他的植物，要求别人接触植物、地质、历史和地理等各个学科，但目的不在这些学科的本身上追求真理。因为对任何问题，他的结论已作出于观察之先，而且作出这些结论的也不是他自己，而是孔子和孟子。既然如此，人们就不能不产生疑问：这种博学多闻是否有确切的需要，也就是说，朱景的成就，是否能和他付出的精力相当？
朱熹治学的方法可谓“支离”避免这样支离，另有捷径。此即以每一个人自己的心理，作为结构宇宙的工具，而所谓心理，即包括视觉和听觉，也包括直觉和灵感。宇宙的自然法则和社会的伦理道德合为一体，很难获得实证，但在心理上却可以不言自明。宇宙的伟大与完美，无须有赖分析，就可以在个人的心理上引起合群为善的精神，从而自然而然地领悟到社会道德的真谛。其最高境界，可以使人摆脱日常生活的忧虑，心灵上达到澄澈超然。持这种看法的人，常说“将发未发之际”也就是杂念冰消、情绪宁静之际，此时视觉、听觉、触觉还没有全部开动，而是凭个人的直觉可以领会到宇宙间一种无可形容的美感。
以这种方法治学是为“心学”和朱熹的“理学”相对。心学派反对理学派累赘的格物致知，提倡直接追求心理的“自然自在”；理学派则认为心学派也大有可以非议之处：宇宙的真实性如果存在于人的心中，任何人都可以由于心的开闭而承认或者拒绝这一真实性。这样，世间的真理就失去了客观的价值，儒家所提倡的宇宙的一元化和道家的“道”、释家的“无’电很难再有区别。一个人可以用参梯的方式寻求顿悟，顿悟之后，所获得澄澈超然的乐趣仅止于一身，而对社会的道德伦理则不再负有责任。耿定理的终身不士就是一例。再则，儒家的经典一贯是土大夫行动的标准和议论的根据，而心学一经风行，各人以直觉为主宰，全部经典就可以弃置不顾。李蛰全凭个人的直觉和见解解释经典又是一例。
如果知识分子放弃了正统的儒家观念，则王朝的安全会立即受到威胁。知识分子在政治上是政府中的各级官员，在经济上是中等以上的地主，因而也是这个社会的真正主人。而正统的儒家观念又是维系他们的纽带，除此而外，再无别的因素足以使他们相聚一堂，和衷共济。所以李蛰在晚年被捕入狱，虽然也被指控为行为不检，但审判官在审讯的时候对此并不斤斤计筑所注意的乃是他“惑世诬民”的著作。李蛰本人也早就预感到了这一点。他把他的一部著作题为焚书人意思是早晚必将付之一炬；另一部著作题为藏书人意思是有干时议，必须藏之名山，等待适当的时机再行传播。
李蛰与耿定向决裂以后，随即公布了他写给耿定向的函件，指斥他的虚伪。耿定向以眼还眼，如法炮制，也把他写给另一位朋友的信广为抄传，信上说：“昔颜山农（颜钧）于讲学会中忽起就地打滚，曰：“试看我良知！”士友至今传为笑柄。”在这一似乎是漫不经意的开场之后，他跟着就指出，李蛰的种种古怪行为，... -->>
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