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，如何能使2000名京官对事情有一致的看法？又如何能使18000名地方官和衷共济，或者无端受罚而仍然歌颂“皇恩浩荡”了我们还有什么更好的标准去教育全国约1肋万的读书人，还有什么更好的标准去表彰他们的祖先、寡母、贤妻？个人的私心会随时随地变迁，只有伦理道德永恒不变。古代的圣贤写作“四书”的时候如此，朱是注解“四书”的时候如此，今日仍然如此。正因为如此，它才可以在经筵上被讲解者发挥，也可以在墓志上被镌刻，以为后人的典范。
这种伦理教育所收到的效果，可以用前面提到的邹元标为例。邹元标在1577年得中进士，时年26岁。当时他还没有任何官职，然而根据圣贤的教导，他竟上书指出张居正的不肯丁忧的可耻可恶。这一封奏章使他在午门外受到廷杖，进士的头衔革去，降为士兵，流放于贵州的穷乡僻壤。一去5年，直到1583年冤案昭雪，他才被召回北京，任命为给事中，职司监察，穿上了绣有懈劣的饱服。到任不久，他又上书直接批评万历不能清心寡欲。皇帝用朱笔在奏章上批“知道了”三个字，给他面子，免予追究文句的唐突。然而邹元标不识抬举，过不多久，他二次上书，奏章上的用语更无忌讳，竟说万历扯谎，有过不改，而且引用“欲人匆闻，英若勿为”的谚语，揭穿皇帝的装腔作势，说他没有人君风度。这就不能不使万历勃然震怒，准备把这个不知感恩的谏宫再次廷杖。
一个从七品的下级文官，过去对朝廷的惟一贡献只是检举了张居正，今天居然具有这种道德上的权威，敢于直接指斥皇帝，其凭借者安在？万历的看法是，邹元标和其他冷谏者并非对他尽忠，而是出于自私自利，即所谓“讪君卖直”这些人把正直当作商品，甚至不惜用诽谤讪议人君的方法作本钱，然后招摇贩卖他正直的声望。
这种看法不无事实上的根据。有些文官熟读诗书，深知百世流芳之说。他们可以找到一个题目，宁可在御前犯不敬之罪，今日受刑，明日名扬史册。这样的做法，说明了忠臣烈士的名誉，确乎是一种高贵的商品。否则，何以有许多人愿意付出这样昂贵的代价，放弃经过千辛万苦挣来的进士出身，继之以血肉甚至生命去追求？
既有这种人物具有这样看法，则内阁首辅虽然承认现实，却又不能放弃理想。
申时行决心做和事佬，他的诚意得到了某些文官的尊重，但并不能为全部人土所谅解。他有时被批评为张居正的循吏，有时则被指责为“首尾两端”即遇事左顾右盼，缺乏决心。但是申时行却并不因这些批评而改变作风。旁人处在他地位上，可能采取比较直截了当的硬性办法。申时行之“蕴藉”半由天赋，另一半则因为在前任和后台那里得到的教训。张居正死后被参，家产籍没，子弟流放，如果他仍然按照张的作风办事，至少也是没有头脑。今日他端坐在文渊阁中张居正留下的公案后边，当然不能忘怀张居正当年的神情气概。这位炬赫一时的首辅，确乎把他申时行当作门生和属吏。但也正因他申时行能够虚心下气，才有进步成长的机会，而终于成为张居正的继任人。
他的前任和后台是一个聪明绝顶的人物，能够记忆千头万绪的详情末节，同时又极能了解各种人事的机微。在隆庆皇帝去世的时候，几乎所有的廷臣都厌恶高拱，而对张居正却表示好感。甚至他为了获取首辅的地位，不惜与大伴冯保周旋，并以此得到慈圣太后的垂青种种情节，也得到同撩的谅解。1572年他开始为文渊阁主人，确实是一帆风顺。然而在10年之后竟身败名裂，成为历史上一大悲剧的主角。申时行对这一悲剧的内容十分了然，张居正的根本错误在自信过度，不能谦虚谨慎，不肯对事实作必要的让步。申时行生平不愿宣扬别人的缺点，对于提拔自己的人，更不会妄加批判。他只是从这悲剧的内幕中得到了教益。
张居正的10年新政，其重点在改变文官机构的作风。这一文官制度受各种环境之累，做事缺乏条理。张居正力图振作，要求过于严厉，以至抗拒横生。在他有生之日，他犹可利用权势压制他的批评者，可是一旦身放，他的心血事业也随之付诸流水。
加强行政效率乃是一种手段，张居正的目的，在于国富兵强。理财本来也是他的专长，但就是在此专长之中，伏下了失败的种子。这其中有很多复杂情况，是为外人所未能深悉的。
这种复杂性首先见于税收。本朝1100多个县，表面上看来都是相等的行政单位，但实际每县税粮总数不仅不同，而且相去极远。在多种情形下，总数一经规定，就因袭而不加修改。一个富裕的县份，其税粮总数可以是一个穷僻县的300倍到500倍之间。
当一个县官详细察看他的辖区时，他更可以发现很多难于置信的事实。这足以证明我们所称为制度，往往只是一个理想。比如说，官方所用度量衡和民间所用的就有大小的不同。又比如，很多县份的耕地几个世纪都没有作过系统的丈量，其间有的增加，有的减少，甚至该地区的地形都有了改变，过去所定税粮数额，可能已与现在实际情形大相径庭。至于土地的所有权，经过几易其手的典押，有时也难以认清谁是真正的地主。
有些县份的税额很低，粗粗一看，似乎必须提高税额，至少这样的县份再也不应该有税粮的积欠。但实际情形是，由于原来税额低，不少农民已升为地主，而这些小地主，多系自耕农或半自耕农，仍去饥饿线不远，他们的生活与农村富裕的地主和居住在城市的地主当然不可同日而语。这也就是说，低税的实惠，早已为当地人视作当然，成为生活中不可缺少的因素，欠税欠粮的事情，不能因全县税低而遏止。
有些县份的税粮比较高，这就更不可能如数进入仓库。在一般情况下，收税达到一定的税额，例如某县已征收了税额的60％，则再催征其余的40％极端困难。即使富裕的地主也会仿效贫穷的自耕农拒不细粮。他们根据多年经验，知道一个县官无法长期和成百成千以拖拉方式拒不纳粮的户主抗衡。旧税未清常常是新税之累，所以官方只好用种种名义把未收的部分减免，其后果就等于鼓励拖欠而拒不纳税。县官对欠税的户主没有别的办法，只能拘押一些人在官衙前拷打，以为其他欠税者戒。然而这些欠税人也另有对付的办法，他们可以贿赂衙役，雇佣一批乞丐代他们挨打，称为“请人代杖”南直隶苏州府向称鱼米之乡，就是这样一个典型的地区。申时行生长于苏州吴县，对这些情况已司空见惯。张居正自然也深知此中积弊，所以他给别人的一封信说苏州以赖粮著名“其乡人最无赖”此地可称“鬼国”
百姓缴纳税粮，在规定数字外尚有所谓“常例”即各地方官按照习惯收入私囊的附加，县官如此，以下村长里长甲长也无不如此。地方官向上缴纳税金税粮，总是先扣常例，至于税额是否如数，则是另一回事。
张居正担任首辅的时候，他用皇帝的名义责令各府各县把税收按照规定全部缴足，这一空前巨大的压力为全部文官所终身不忘。批评张居正的人说，他对京城和各地库房中积存的大批现银视而不见，而还要用这样的方式去敛财，必然会通致地方官敲扑小民，甚至鞭挞致死。这种批评也许过于夸大，但是张居正的做法和政府一贯所标榜的仁厚精神相背，却也是事实，同时也和平素利用乡村看老级外所行“间接管制”的形式不符。这种间接管制虽然行政效率极低，实际上却为事势所需，它在成万成千农民之间解决了官方鞭长莫及的难题。
张居正还有一个错误，则是他忽视了文官集团的双重性格。固然有很多官僚凭借特权，引用私人，扶植地主和高利贷者的利益。但是“四书”所揭案的、为文官集团所标榜的宗旨，也并不全是口头禅。如导之以诚意，一些有责任感的年轻人如邹元标辈，又真能不顾一己安危荣辱，为仁民爱物的宗旨拼命。这种自我牺牲的精神，能在存亡于肤发之间击退北方游牧民族的内犯，也能在万苦千辛中修复黄河的决堤。他们经常批评万历皇帝，其用心也未必真是“沽名卖直”而是他们深知自我牺牲，必须得到皇帝的肯定和合作，才能使亿万百姓沾惠受益。他们之所以攻击张居正，也正因为在他们心目中，张居正的措施放弃了古圣先贤的宗旨，而是急功好利，企图以世俗的行政效率来代替这种伟大的精神，最终必然窒碍难行，落一个引用私人的下场。
从客观条件来看，张居正之弓佣私人，是无法避免的。以我国幅员之六，交通通信又极落后，任何有能力的内阁，也不能对各种地方官有周密的了解和实际的控制。张居正一心改弦更张，10年‘专政”之后，各地税额并没有调整；地方政府仍然无法管理农村，官吏薪给之低，依然如故。总之，这种维新不过是局部的整顿，而非体制上的变革。张居正本人认真办事，一丝不苟，他亲自审核政府的账目，查究边防人马的数额，下令逮捕犯法的官吏，甚至设计各种报表的格式，规定报告的限期。他所派遣的总督和任命的尚书个个精明能干，然而他们的诚信仍有问题。因为撇开他们本身不说，他们属下的低级机构，依然处于各种各样不合理条件之下，离开了权术，这些高级官员也无精明能干之可言，而权术又总是和诚信背道而驰的。
在名义上张居正是皇帝的顾问，并无决策和任免的权力。为了贯彻自己的意图，他经常以私人函件的形式，授意于他亲信的总督巡抚，要他们如此如此地呈奏皇帝，然后他以内阁大学士的身份票拟批准他自己的建议。为了鼓舞亲信，他有时还在函件上对他们的升迁作出暗示。这种做法，实际上是以他自己作中心，另外形成一个特殊的行政机构，以补助正常行政机构之不及。这在旁人看来，就是上下其手；以气节自负的人，自更不愿向他低头，以免于趋附权势的讥讪。
张居正的全套措施，彻底暴露了这一大帝国中央集权过度的不良后果。在下层行政单位间许多实际问题尚未解决以前，行政效率的增进，必然是缓慢的、有限度的。强求效率增高，超过这种限度，只会造成行政系统的内部不安，整个文官集团会因压力过高而分裂；而纠纷一起，实际问题又会升级成为道德问题。
张居正既不能撇开文官集团而自起炉灶，他的所作所为也就无法避免矛盾。举一个例子说，他个人物质生活的奢华惹人议论至多。数年之前，小皇帝万历听说张先生要改建住宅，增修一座阁楼以便悬挂御笔，于是就亲自下令由内库拨发白银一千两以为资助。因为在小皇帝的心目中，他的老师官俸并不丰厚。但是张居正去世之后，万历皇帝才听说北京张宅的增修费用，竟为白银一万两。更令人惊讶的是北京张宅刚刚修造完毕，湖广的江陵立即出现了一座规模相同的张宅，主其事者是锦衣卫的一个庞姓军官，建造的费用不消说来自官库。张居正获悉此事，自称于心不安，但并没有毅然拒绝这些小人的阿泱奉献。接通而来的就是湖广的地方官动用公款先后建造三座石坊以颂扬张居正的功业。次之则张居正以整理驿传作为他自己的一大政绩：当时政府设立的各个驿站，照例对来往官员供应车马食宿，他花费了很大的心血，务使真正有公事的人，才受驿站接待。几家属旅行，或以私籍公，需索驿站者，查出后立加严惩。但是张家的仆人甚至亲友的仆人却可以任意向地方官需索车马船只，并及于扛格行李的夫役。张居正要求其他官员励行节俭，但是他却不能以身作则，这当然不能不贻人以口实。上述情形，也许可以推说为下人蒙蔽；然而他在私人函件中屡次提到他亲信的文官曾向他赠送贵重的“礼物”包括现金和田地，这就不仅使他无法自解，也使对他同情的人不能置辩。也许在他看来，他自己的奢华和别人的节俭不过是因地位不同因而各有本分。但是在他的政敌的心目中，这就是言行不一的一大证据；即在一般人看来，这至少也是道德上的疵暇。这些地方也使万历丧失对元辅老师的一番尊敬，因为事实具在，不像“谋逆篡位”一套罪状，虽然严重，却令人难于置信。
张居正的最后几年里，对他的批评者非常敏感，而对有名的文士尤甚。这些名士生平只知用华美的文章大言欺人，决不会对他崇实的作风起好感；因之他也就视此种人为寇仇。如果申时行有机会对他前任和后台老板发牢骚，他一定会指出张居正对待这般人的态度未免过分，而且由此而牵累了自己。因为在这些人眼中，他总是张居正的私人。平心而论，张居正对待一般文人，确乎过于偏激而有失宽厚。这些撰写文章的专家根据“学而优则仕”的原则，认为他们的诗词歌赋是赢得厚禄高官的资本。张居正纵使因为他们没有济世之才而加以摈斥，也不妨采用比较温和的方法敬而远之，不去触怒他们。例如王世贞，是本朝数一数二的散文大家，又和张居正同年得中进士，按理说应该情谊深厚，然而清形却不是这样。王世贞一心想做尚书，多次主动向张居正表示亲近，替他的父母作寿序，又赠送了许多礼物，包括一件极为名贵的古人法书。但是张居正却无动于衷，反而写信给王世贞，说什么“才人见忌，自古已然。吴干越钩，轻用必折；匣而藏之，其精乃全”前两句恭维，其后则把王比作脆弱而不湛使用的武器看待，只能摆在盒子里让人赞赏他雕铸之美，却不能用以斩将夺旗。王世贞当然不曾忘记这段羞辱，他日后为他的同年作张公居正传时，也就以牙还牙，行间字里，酸辣兼备；其中提及申时行，也多轻蔑之语。
还有一个文坛健将汪道昆，凑巧也是张居正的同年，他官至兵部侍郎，有一笔由他经手的边防公款，经监察官查核认为账目中有不实之处；而汪提供的报销，却用华丽动人的散文写成。张居正对此事极感不满，他铁面无私地在一封信上指出“芝兰当路，不得不锄”汪侍郎虽有芝兰之美，然而却开放在众人行经的道路上，管理公路的员工张居正也不得不把这名花异卉一锄所去。这封信刚刚写完，汪道昆就被迫退休。
张居正开罪于文人有如上述二例。这也表现他虽为首辅，却没有认清文官集团还有另一种双重性格。在他执政的时代，在名义上说，文官还是人民的公仆，实际上则已包罗了本朝的出色人物，成为权力的源泉，也是这一大帝国的实际主人。张居正按照过去的眼光仍然把文官集团当作行政工具，对其中最率众望的人物不加尊敬，就使自己陷于孤立的地位。直到危机四伏之际，他才发现了这一点，并且引用怫家经义，作为自己精神上的解脱，说是：“如火火聚，得清凉门。’既能在狂燎烈焰之中有冰凝水静的感觉，则他虽尚在人间身居首辅，却已经把自己当作烈士看待了。
申时行没有做烈土的决心。他坐在前任的书案之后，认为张居正当年如能避免各种错误，他就没有自我牺牲的必要。申时行记得清楚：在万历初年大家对张居正还心存钦慕，他们没有责成这个首辅舍弃旧章，创造一个新的行政系统。他们心目中的大政治家，应当以个人的声望来调和各种极端。在一般情形之下，他需要用明确而坚定的态度处理公务；但这标准只能维持到一定的限度。事态的发展逾于限度之外，则就要用想道来原谅各人的过失。首辅的最大贡献，则在于使各种人才都能在政府中发挥长处。大才小才，庸才劣才，全部如是。对他们起感化和领导的作用，即为申时行所称的“诚意”
除非把全部文官罢免，而代之以不同的组织和不同的原则，身为首辅的人只能和文官合作，按照他们的共同意志办事。申时行没有忽略文官的双重性格：即虽称公仆，实系主人；有限则有阴。他必须恰如其分地处理此中矛盾。时势要求申时行充当和事佬，他就担任这样角色，至于别人的评论如“首尾两端”之类，就只能付诸一笑。
申时行下决心当和事佬，固有以上的理论及经验作背景，但也与个人利害有关。
他在初任首辅的两年内，曾一再感到风雨飘摇。当日见被目为张居正的私人，都要费一番心力，为自己洗刷。申时行固然有忠厚长者的声名，但是他与张的密切关系，也早为人所共知。纵是他是当今皇上老师，亦于事无补。这时候万历皇帝年已19岁左右，嘴唇上和颔下已长出了稀疏的短须，伊然一个成年人了。他声称过去被人愚弄，今后当彻底地独立自主。皇上要振作，当然是好事；然则他的动机却出于疑忌。这又增加了左右大臣职务上的危险性。申时行也很清楚地看到，在他前任8个首辅中，只有李春芳和张四维可谓能全始终，其他翟銮、夏言、严嵩、徐阶、高拱和张居正6人，或遭软禁，或受刑事处分，或死后仍被追究。表面看来，所有处分出自皇帝的旨意，其实所有案件，无一不产生于文官集团中的矛盾。首辅或是在政策上遭到多数人的反对，或是个性太强而引起嫉妒和仇视。技术上的争端，一经发展，就可以升级扩大而成道德问题，胜利者及失败者也就相应地被认为至善或极恶。
在1583年的夏天到1585的夏天，申时行似乎感觉到有一个政治上的黑箍套在自己脑袋上，而且一天比一天加紧。反对他的以年轻的京官居多，只是因为他们还没有完全摸清皇帝对申先生的真实态度，一时不敢造次，但是攻击已经逐渐展开。他们首先质问：张居正的四个儿子，三个得中进士，其中两个人翰林院，申时行当日为会试时主试官之一，难道和他没有关系？这一质问没有动摇申时行的地位，他们接着又建议，今后大学士的儿子一律不得参加会试，这矛头显然是针对申时行的长子申用撤。再接着他们又弹劾吏部尚书杨巍，说他用人办事都逢迎内阁旨意，言外之意乃是首辅专权跋扈。这两次攻击依然无效，但是他们参劾礼部尚书徐学漠却取得成功，徐被迫去职。参劾者表面上的理由是他在选择皇帝陵墓的地址时，没有广泛地听取港舆专家的意见，以致没有选到一个真正的吉穴，但真正原因乃是徐学漠已被视为张居正的私人，而他在最近又把女儿嫁给了申时行的次子申用嘉。
这种攻击是经过深思熟虑，按照预定步骤进行的。整个方式可以称为“去皮见骨”攻击者常常从一些小事开始，诸如一句经书的解释，一种谐音的讽刺，一张不署名传单的内容，一个考题的不当等等，有时也可以在奏章上提出一个冤案，参劾一个不知名小富的家庭琐事，或者以论水利和研究马尾巴发难引出本题。利用这些小事可以促使公众注意，引起文官参加，假以时日，使小事积累而成大事，细微末节的局部问题转化而成为整个道德问题。在程序上讲，发展中的步伐则须前后衔接，第一步没有收到效果之前决不轻率采取第二步。而且出场交锋的人物起先总是无名小卒，直到时机成熟才有大将出马。这种方式，大凡久在政治圈子里的人物，都已看透，他们可以从青萍之末，预测大风暴的来临。
而对着这布置周详的攻击，申时行险些垮台；再加以高启愚一案，他更是被拖到了悬崖边上。然而出人意料之外的乃是他顶住了这种攻击。在这危机中摇而不坠，以后重又站稳了脚跟。这是申时行生活史上的一大胜利，使他的政治地位更趋巩固。
高启愚出身翰林院，曾任南京和北京的国子监祭酒，相当于国立大学校长。由于申时行的推荐，他以礼都右侍郎的身份充任皇帝的经筵讲官。按照过去成例，他之被任为大学士已是指日间事。和申时行一样，他还很可能为来日之首辅。只是高启愚命运乖违，正在官运亨通之际，忽然被人检举。几年之前他主持应天府乡试所出试题“舜亦以命禹”这时被认为宣扬掸让，即是恭维张居正有神禹疏凿之功；在有德者则君临天下的前提内，这也就是向张劝进。这一攻击既阴险又毒辣，因为它正中了皇帝心理上的要害。攻击者预料，高启愚为申时行提拔，在这严重罪状面前，申必然要出面为高辩护，于是就可以）顺水推舟地搞垮申时行。
果然计出如神，案件一发动，申时行出而为高启愚辩护。攻击者按照原定部署参劾申时行，又如预料申被参离职家居待勘，二辅许国代理阁务。许国又为申时行辩护，过几天也被参劾，也同样在家听候处理。
只是攻击者没有预料的，乃是这一场大风浪，使万历皇帝作了长时间上的考虑。他把种种迹象联系起来，逐渐明白了这些检举参劾的真实用意。何以这群“保皇党”当初在高启愚出题劝进的时候一言不发，今日张居正已经倒台则又振振有辞？可见他们也另有其“阴”他们好几个组织者都是三辅王锡爵主持会试的门生，如果搞垮申时行和许国，即可以拥护王锡爵担任首辅。事不凑巧，王锡爵责示了充分的明智和冷静，他不接受这样的拥戴，反而向万历皇帝上书称赞首辅申时行“泊然处中，重国体，惜人才”
于是圣意乃决，申时行和许国都被挽留。皇帝特遣的宦官到两位阁老家里央请他们出来视事。攻击者因之不能再加置像。但是为了保持文官间的平衡，也为了继续鼓励监察官尽忠报国，对攻击首辅的人也不便过重处罚。直到数月之后风波平息，万历才把其中最激烈的分子各降三级，首先参劾高启愚的御史，也调到外省；至于高启愚为生事之端，即便从轻处理，也不能认为全无过失，可以令之置身事外，乃以“出题谬妄”的罪名，被颁夺文官身份和以前恩赐的祖先浩命。
张居正一案的余波，到此才完全结束。故太师的头衔既然被俄家产也已没收，儿子进士翰林的名称又经一笔勾销，今后即再暴露他所培植的私人亦不能使皇帝激动，自此朝廷内的文官还要互相攻击，则必须另找新的题目来做文章，而不能再在张居正的骄奢无道或者窥窃神器上大加发挥了。
等到这一案完全结束之后，申时行才有机会平心静气地研究事情的真象。在所有反对他的人中，真正关心张居正的儿子如何进入翰林院以及皇帝陵墓风水好坏的恐怕很少，甚至借这个题目可以拥戴首辅以便自己升官的也不能太多。应当注意的仍是张居正本身是一个令人感情激动的题目。只要一提起他的名字，就立刻引起很多人气愤，因此反对者不一定要费很大的气力，即可以利用各文官间对故太师的反感，排斥他所接近的人，如侍郎表讲官高启愚、利部尚书徐学漠和他申时行自己。
为什么张居正这样令人痛恨？原因在于他把所有的文官摆在他个人的严格监视之下，并且凭个人的标准加以升迁或贬黜，因此严重地威胁了他们的安全感。这些官员之间关系复杂，各有他们的后合老板以及提拔的后进。他们又无一不有千丝万缕的家族与社会关系，因之得罪了一个人，就得罪了一批人；得罪了一批人，也就得罪了全国。这正如他同年王世贞所说，张居正一套偏激的办、法，是和全国的读书人作对。
张居正又错误地使用了懈复这一动物。监察官是征集舆论、平衡阴阳、在公益和私利中找到折衷的工具，元铺张先生却用它来推动自己的政策。御史和绘事中只检举对他不利的人物，不纠察他的行政，这种情况使他们与特务警察无异。因之张居正虽没有独裁者的权位，却有了独裁者的神通。要不是在他执政之日有这种普遍被压抑的恐惧和怨恨，以后的反张运动就不会引起这么多的同情，动员这么多的力量，产生这么多的枝节。
1585年，万历皇帝决心将张居正一案作为历史看待。申时行也决心防止这样的政治波澜再来掀动本朝的上下机构，他呈请皇帝停止张居正所制定的考成法。为了有效地管制全国各府县，这一考成法规定各科给事中按年月记载各地方官的政绩，其标准为欠税是否能够追缴，盗匪是否能够擒获。官员前案未结，就不许升迁离职，甚至有些已经退休或正在养病的官员还要被传询答复问题。现任首辅申时行认为这种方法有欠公允。因为税收能否如额征足，有其多方面的原因，而不完全决定于县令府尹的能力和办事精神；匪盗就擒或漏网，更多出于偶然的机会，如果上官不顾困难，一味逼迫下属，下属又逼迫兵丁捕快，就会促成许多嫌疑犯屈打成招，这也不是清明宽厚的本朝所宜有。万历听罢首肯。这样，张居正时代惟一有组织性的条例也就此撤销。
为了表示胸襟开阔，申时行对参劾过自己的官员概不追究，甚至还建议其中的几位官员晋级。另一件出人意外之事则是他替邹元标说好话。这一位邻元标，除了上书触怒圣颜之外，还帮助反对申时行的一派逐走了他的儿女亲家徐学漠。万历本来想重办邹元标，申时行出来讨价还价，终于使邹没有受到廷杖，仅以除籍了事，而在邹元标离职以后，申时行还在设法使他能第二次被召复职。
1587年又值京察之年，这是一个极好的机会可以宣扬他作为大政治家的诚意。京察每六年举行一次，全部京官都将被考核。各地巡抚由于带有都察院御史的头衔，所以也同于京官在考核之列。与他前任1581年的原则相反，申时行力主人事上的稳定。随即消息传来，政府让大小官员各安其位。于是众心欣慰。京察的结果，凡由进士出身的职官只有33人降级或罢免，而且这33人，没有一个出于吏部、都察院或翰林院这些传统上最富敏感的机关。这种想道稳定了文官集团的情绪，也稳定了首辅自己的地位，他被众口交誉为老成持重，有古君子之风。
他和万历之间的关系也越来越好，概言之，即已经由协调进而为亲密。册封万历的宠妃郑氏为皇贵妃时，他被委为正使之一。申时行又奉派为总揽大峪山今上陵寝的建筑工程，并已到施工之处巡视多次，一次在严寒，一次在酷暑。1587年，他报告一切进行都很顺利。万历龙颜大悦，特赏首辅申先生织有双喜字的锦缎一匹，让他制成新衣，以供阅陵时服用。
在皇帝的心目中既已取得了很高的信用，申先生又能以他高超的劝说能力，委婉地请求今上放弃他禁中内操，即在皇城中训练以宦官编成的军队，并同意不再随便出城巡阅，管束职掌特务的宦官张鲸。这些事情，如果不是申时行采用恰当的方式调停，很可能造成皇帝与百官间的冲突。因为在这些地方文官们有他们坚定强硬的看法，要是他们一定要以道德的名义在御前海谏，言语冲突之余，万历一动反感，很可能导致一意孤行。申阁老防患于未然，确已尽到从中调济的职责。
反对申时行的则仍称他为妥协，一味只顾目前适用，放弃原则。申时行当然有他的办法答辩。他表示，要是不恢复百官间的彼此信赖，怎么可以使他们大有作为，为皇上推行开明的政治？
管理我们这样一个大帝国，在许多问题上一定是要生间隙的。张居正以整饬纪律自居，而实际上他是强迫要求各人保证不生牌隙。申时行用恕道待人，又鼓励城信，就是期望各人自动地各尽其能地补救够隙。申时行的立论并非没有理由，但是从他四年内在文渊阁执政的纪录上看，其成功的希望至为微小。
推广诚意的方式是经常不断地举行礼仪，讲解“四书”和其他经史，然而最近以来，申时行已经不能劝说万历皇帝出席他应该主持的礼仪，经筵也久被搁置。申先生内心明白，经过张居正事件之后，皇帝对各种告汗、争论和答辩已经不感兴趣，他对一切都取怀疑的态度。因为他从小束发受教，就听说“王者无戏言”天子应对一切事物认真，更要在一句一语之间，相信亲信人的话。而现在看来，每个人都是说管说，做管做，两不相干，这又何怪乎他怀疑一切？他之所谓“讪君卖直”就表示他已经知道凡事都有其明暗阴阳。他对廷臣要求他为尧舜之君的说法不加反对，因为这是“四书”中的准则，又是祖先的训示，不容置辩。可是以他的聪明敏感，谁又能够保证他在内心深处，没有把这种要求当成臣下为他设置的羁绊？
皇帝放弃诚意，使申时行至为不安。然而他没有更好的办法，只好自己坚持信心，静待时机的好转。可是无情的时光，究竟还有多少让申时行来安排和等待呢？1587年，即万历十五年的秋天，他作为首辅已四年有半，今后还有四年，他仍为文渊阁的首长。在他不知不觉的用尽了命运为他安排作首辅的全段时间，那么太傅兼太子太师左柱国中极殿大学士申时行即想在文渊阁再多留一天，也是不能为时势所容许的了。
，如何能使2000名京官对事情有一致的看法？又如何能使18000名地方官和衷共济，或者无端受罚而仍然歌颂“皇恩浩荡”了我们还有什么更好的标准去教育全国约1肋万的读书人，还有什么更好的标准去表彰他们的祖先、寡母、贤妻？个人的私心会随时随地变迁，只有伦理道德永恒不变。古代的圣贤写作“四书”的时候如此，朱是注解“四书”的时候如此，今日仍然如此。正因为如此，它才可以在经筵上被讲解者发挥，也可以在墓志上被镌刻，以为后人的典范。
这种伦理教育所收到的效果，可以用前面提到的邹元标为例。邹元标在1577年得中进士，时年26岁。当时他还没有任何官职，然而根据圣贤的教导，他竟上书指出张居正的不肯丁忧的可耻可恶。这一封奏章使他在午门外受到廷杖，进士的头衔革去，降为士兵，流放于贵州的穷乡僻壤。一去5年，直到1583年冤案昭雪，他才被召回北京，任命为给事中，职司监察，穿上了绣有懈劣的饱服。到任不久，他又上书直接批评万历不能清心寡欲。皇帝用朱笔在奏章上批“知道了”三个字，给他面子，免予追究文句的唐突。然而邹元标不识抬举，过不多久，他二次上书，奏章上的用语更无忌讳，竟说万历扯谎，有过不改，而且引用“欲人匆闻，英若勿为”的谚语，揭穿皇帝的装腔作势，说他没有人君风度。这就不能不使万历勃然震怒，准备把这个不知感恩的谏宫再次廷杖。
一个从七品的下级文官，过去对朝廷的惟一贡献只是检举了张居正，今天居然具有这种道德上的权威，敢于直接指斥皇帝，其凭借者安在？万历的看法是，邹元标和其他冷谏者并非对他尽忠，而是出于自私自利，即所谓“讪君卖直”这些人把正直当作商品，甚至不惜用诽谤讪议人君的方法作本钱，然后招摇贩卖他正直的声望。
这种看法不无事实上的根据。有些文官熟读诗书，深知百世流芳之说。他们可以找到一个题目，宁可在御前犯不敬之罪，今日受刑，明日名扬史册。这样的做法，说明了忠臣烈士的名誉，确乎是一种高贵的商品。否则，何以有许多人愿意付出这样昂贵的代价，放弃经过千辛万苦挣来的进士出身，继之以血肉甚至生命去追求？
既有这种人物具有这样看法，则内阁首辅虽然承认现实，却又不能放弃理想。
申时行决心做和事佬，他的诚意得到了某些文官的尊重，但并不能为全部人土所谅解。他有时被批评为张居正的循吏，有时则被指责为“首尾两端”即遇事左顾右盼，缺乏决心。但是申时行却并不因这些批评而改变作风。旁人处在他地位上，可能采取比较直截了当的硬性办法。申时行之“蕴藉”半由天赋，另一半则因为在前任和后台那里得到的教训。张居正死后被参，家产籍没，子弟流放，如果他仍然按照张的作风办事，至少也是没有头脑。今日他端坐在文渊阁中张居正留下的公案后边，当然不能忘怀张居正当年的神情气概。这位炬赫一时的首辅，确乎把他申时行当作门生和属吏。但也正因他申时行能够虚心下气，才有进步成长的机会，而终于成为张居正的继任人。
他的前任和后台是一个聪明绝顶的人物，能够记忆千头万绪的详情末节，同时又极能了解各种人事的机微。在隆庆皇帝去世的时候，几乎所有的廷臣都厌恶高拱，而对张居正却表示好感。甚至他为了获取首辅的地位，不惜与大伴冯保周旋，并以此得到慈圣太后的垂青种种情节，也得到同撩的谅解。1572年他开始为文渊阁主人，确实是一帆风顺。然而在10年之后竟身败名裂，成为历史上一大悲剧的主角。申时行对这一悲剧的内容十分了然，张居正的根本错误在自信过度，不能谦虚谨慎，不肯对事实作必要的让步。申时行生平不愿宣扬别人的缺点，对于提拔自己的人，更不会妄加批判。他只是从这悲剧的内幕中得到了教益。
张居正的10年新政，其重点在改变文官机构的作风。这一文官制度受各种环境之累，做事缺乏条理。张居正力图振作，要求过于严厉，以至抗拒横生。在他有生之日，他犹可利用权势压制他的批评者，可是一旦身放，他的心血事业也随之付诸流水。
加强行政效率乃是一种手段，张居正的目的，在于国富兵强。理财本来也是他的专长，但就是在此专长之中，伏下了失败的种子。这其中有很多复杂情况，是为外人所未能深悉的。
这种复杂性首先见于税收。本朝1100多个县，表面上看来都是相等的行政单位，但实际每县税粮总数不仅不同，而且相去极远。在多种情形下，总数一经规定，就因袭而不加修改。一个富裕的县份，其税粮总数可以是一个穷僻县的300倍到500倍之间。
当一个县官详细察看他的辖区时，他更可以发现很多难于置信的事实。这足以证明我们所称为制度，往往只是一个理想。比如说，官方所用度量衡和民间所用的就有大小的不同。又比如，很多县份的耕地几个世纪都没有作过系统的丈量，其间有的增加，有的减少，甚至该地区的地形都有了改变，过去所定税粮数额，可能已与现在实际情形大相径庭。至于土地的所有权，经过几易其手的典押，有时也难以认清谁是真正的地主。
有些县份的税额很低，粗粗一看，似乎必须提高税额，至少这样的县份再也不应该有税粮的积欠。但实际情形是，由于原来税额低，不少农民已升为地主，而这些小地主，多系自耕农或半自耕农，仍去饥饿线不远，他们的生活与农村富裕的地主和居住在城市的地主当然不可同日而语。这也就是说，低税的实惠，早已为当地人视作当然，成为生活中不可缺少的因素，欠税欠粮的事情，不能因全县税低而遏止。
有些县份的税粮比较高，这就更不可能如数进入仓库。在一般情况下，收税达到一定的税额，例如某县已征收了税额的60％，则再催征其余的40％极端困难。即使富裕的地主也会仿效贫穷的自耕农拒不细粮。他们根据多年经验，知道一个县官无法长期和成百成千以拖拉方式拒不纳粮的户主抗衡。旧税未清常常是新税之累，所以官方只好用种种名义把未收的部分减免，其后果就等于鼓励拖欠而拒不纳税。县官对欠税的户主没有别的办法，只能拘押一些人在官衙前拷打，以为其他欠税者戒。然而这些欠税人也另有对付的办法，他们可以贿赂衙役，雇佣一批乞丐代他们挨打，称为“请人代杖”南直隶苏州府向称鱼米之乡，就是这样一个典型的地区。申时行生长于苏州吴县，对这些情况已司空见惯。张居正自然也深知此中积弊，所以他给别人的一封信说苏州以赖粮著名“其乡人最无赖”此地可称“鬼国”
百姓缴纳税粮，在规定数字外尚有所谓“常例”即各地方官按照习惯收入私囊的附加，县官如此，以下村长里长甲长也无不如此。地方官向上缴纳税金税粮，总是先扣常例，至于税额是否如数，则是另一回事。
张居正担任首辅的时候，他用皇帝的名义责令各府各县把税收按照规定全部缴足，这一空前巨大的压力为全部文官所终身不忘。批评张居正的人说，他对京城和各地库房中积存的大批现银视而不见，而还要用这样的方式去敛财，必然会通致地方官敲扑小民，甚至鞭挞致死。这种批评也许过于夸大，但是张居正的做法和政府一贯所标榜的仁厚精神相背，却也是事实，同时也和平素利用乡村看老级外所行“间接管制”的形式不符。这种间接管制虽然行政效率极低，实际上却为事势所需，它在成万成千农民之间解决了官方鞭长莫及的难题。
张居正还有一个错误，则是他忽视了文官集团的双重性格。固然有很多官僚凭借特权，引用私人，扶植地主和高利贷者的利益。但是“四书”所揭案的、为文官集团所标榜的宗旨，也并不全是口头禅。如导之以诚意，一些有责任感的年轻人如邹元标辈，又真能不顾一己安危荣辱，为仁民爱物的宗旨拼命。这种自我牺牲的精神，能在存亡于肤发之间击退北方游牧民族的内犯，也能在万苦千辛中修复黄河的决堤。他们经常批评万历皇帝，其用心也未必真是“沽名卖直”而是他们深知自我牺牲，必须得到皇帝的肯定和合作，才能使亿万百姓沾惠受益。他们之所以攻击张居正，也正因为在他们心目中，张居正的措施放弃了古圣先贤的宗旨，而是急功好利，企图以世俗的行政效率来代替这种伟大的精神，最终必然窒碍难行，落一个引用私人的下场。
从客观条件来看，张居正之弓佣私人，是无法避免的。以我国幅员之六，交通通信又极落后，任何有能力的内阁，也不能对各种地方官有周密的了解和实际的控制。张居正一心改弦更张，10年‘专政”之后，各地税额并没有调整；地方政府仍然无法管理农村，官吏薪给之低，依然如故。总之，这种维新不过是局部的整顿，而非体制上的变革。张居正本人认真办事，一丝不苟，他亲自审核政府的账目，查究边防人马的数额，下令逮捕犯法的官吏，甚至设计各种报表的格式，规定报告的限期。他所派遣的总督和任命的尚书个个精明能干，然而他们的诚信仍有问题。因为撇开他们本身不说，他们属下的低级机构，依然处于各种各样不合理条件之下，离开了权术，这些高级官员也无精明能干之可言，而权术又总是和诚信背道而驰的。
在名义上张居正是皇帝的顾问，并无决策和任免的权力。为了贯彻自己的意图，他经常以私人函件的形式，授意于他亲信的总督巡抚，要他们如此如此地呈奏皇帝，然后他以内阁大学士的身份票拟批准他自己的建议。为了鼓舞亲信，他有时还在函件上对他们的升迁作出暗示。这种做法，实际上是以他自己作中心，另外形成一个特殊的行政机构，以补助正常行政机构之不及。这在旁人看来，就是上下其手；以气节自负的人，自更不愿向他低头，以免于趋附权势的讥讪。
张居正的全套措施，彻底暴露了这一大帝国中央集权过度的不良后果。在下层行政单位间许多实际问题尚未解决以前，行政效率的增进，必然是缓慢的、有限度的。强求效率增高，超过这种限度，只会造成行政系统的内部不安，整个文官集团会因压力过高而分裂；而纠纷一起，实际问题又会升级成为道德问题。
张居正既不能撇开文官集团而自起炉灶，他的所作所为也就无法避免矛盾。举一个例子说，他个人物质生活的奢华惹人议论至多。数年之前，小皇帝万历听说张先生要改建住宅，增修一座阁楼以便悬挂御笔，于是就亲自下令由内库拨发白银一千两以为资助。因为在小皇帝的心目中，他的老师官俸并不丰厚。但是张居正去世之后，万历皇帝才听说北京张宅的增修费用，竟为白银一万两。更令人惊讶的是北京张宅刚刚修造完毕，湖广的江陵立即出现了一座规模相同的张宅，主其事者是锦衣卫的一个庞姓军官，建造的费用不消说来自官库。张居正获悉此事，自称于心不安，但并没有毅然拒绝这些小人的阿泱奉献。接通而来的就是湖广的地方官动用公款先后建造三座石坊以颂扬张居正的功业。次之则张居正以整理驿传作为他自己的一大政绩：当时政府设立的各个驿站，照例对来往官员供应车马食宿，他花费了很大的心血，务使真正有公事的人，才受驿站接待。几家属旅行，或以私籍公，需索驿站者，查出后立加严惩。但是张家的仆人甚至亲友的仆人却可以任意向地方官需索车马船只，并及于扛格行李的夫役。张居正要求其他官员励行节俭，但是他却不能以身作则，这当然不能不贻人以口实。上述情形，也许可以推说为下人蒙蔽；然而他在私人函件中屡次提到他亲信的文官曾向他赠送贵重的“礼物”包括现金和田地，这就不仅使他无法自解，也使对他同情的人不能置辩。也许在他看来，他自己的奢华和别人的节俭不过是因地位不同因而各有本分。但是在他的政敌的心目中，这就是言行不一的一大证据；即在一般人看来，这至少也是道德上的疵暇。这些地方也使万历丧失对元辅老师的一番尊敬，因为事实具在，不像“谋逆篡位”一套罪状，虽然严重，却令人难于置信。
张居正的最后几年里，对他的批评者非常敏感，而对有名的文士尤甚。这些名士生平只知用华美的文章大言欺人，决不会对他崇实的作风起好感；因之他也就视此种人为寇仇。如果申时行有机会对他前任和后台老板发牢骚，他一定会指出张居正对待这般人的态度未免过分，而且由此而牵累了自己。因为在这些人眼中，他总是张居正的私人。平心而论，张居正对待一般文人，确乎过于偏激而有失宽厚。这些撰写文章的专家根据“学而优则仕”的原则，认为他们的诗词歌赋是赢得厚禄高官的资本。张居正纵使因为他们没有济世之才而加以摈斥，也不妨采用比较温和的方法敬而远之，不去触怒他们。例如王世贞，是本朝数一数二的散文大家，又和张居正同年得中进士，按理说应该情谊深厚，然而清形却不是这样。王世贞一心想做尚书，多次主动向张居正表示亲近，替他的父母作寿序，又赠送了许多礼物，包括一件极为名贵的古人法书。但是张居正却无动于衷，反而写信给王世贞，说什么“才人见忌，自古已然。吴干越钩，轻用必折；匣而藏之，其精乃全”前两句恭维，其后则把王比作脆弱而不湛使用的武器看待，只能摆在盒子里让人赞赏他雕铸之美，却不能用以斩将夺旗。王世贞当然不曾忘记这段羞辱，他日后为他的同年作张公居正传时，也就以牙还牙，行间字里，酸辣兼备；其中提及申时行，也多轻蔑之语。
还有一个文坛健将汪道昆，凑巧也是张居正的同年，他官至兵部侍郎，有一笔由他经手的边防公款，经监察官查核认为账目中有不实之处；而汪提供的报销，却用华丽动人的散文写成。张居正对此事极感不满，他铁面无私地在一封信上指出“芝兰当路，不得不锄”汪侍郎虽有芝兰之美，然而却开放在众人行经的道路上，管理公路的员工张居正也不得不把这名花异卉一锄所去。这封信刚刚写完，汪道昆就被迫退休。
张居正开罪于文人有如上述二例。这也表现他虽为首辅，却没有认清文官集团还有另一种双重性格。在他执政的时代，在名义上说，文官还是人民的公仆，实际上则已包罗了本朝的出色人物，成为权力的源泉，也是这一大帝国的实际主人。张居正按照过去的眼光仍然把文官集团当作行政工具，对其中最率众望的人物不加尊敬，就使自己陷于孤立的地位。直到危机四伏之际，他才发现了这一点，并且引用怫家经义，作为自己精神上的解脱，说是：“如火火聚，得清凉门。’既能在狂燎烈焰之中有冰凝水静的感觉，则他虽尚在人间身居首辅，却已经把自己当作烈士看待了。
申时行没有做烈土的决心。他坐在前任的书案之后，认为张居正当年如能避免各种错误，他就没有自我牺牲的必要。申时行记得清楚：在万历初年大家对张居正还心存钦慕，他们没有责成这个首辅舍弃旧章，创造一个新的行政系统。他们心目中的大政治家，应当以个人的声望来调和各种极端。在一般情形之下，他需要用明确而坚定的态度处理公务；但这标准只能维持到一定的限度。事态的发展逾于限度之外，则就要用想道来原谅各人的过失。首辅的最大贡献，则在于使各种人才都能在政府中发挥长处。大才小才，庸才劣才，全部如是。对他们起感化和领导的作用，即为申时行所称的“诚意”
除非把全部文官罢免，而代之以不同的组织和不同的原则，身为首辅的人只能和文官合作，按照他们的共同意志办事。申时行没有忽略文官的双重性格：即虽称公仆，实系主人；有限则有阴。他必须恰如其分地处理此中矛盾。时势要求申时行充当和事佬，他就担任这样角色，至于别人的评论如“首尾两端”之类，就只能付诸一笑。
申时行下决心当和事佬，固有以上的理论及经验作背景，但也与个人利害有关。
他在初任首辅的两年内，曾一再感到风雨飘摇。当日见被目为张居正的私人，都要费一番心力，为自己洗刷。申时行固然有忠厚长者的声名，但是他与张的密切关系，也早为人所共知。纵是他是当今皇上老师，亦于事无补。这时候万历皇帝年已19岁左右，嘴唇上和颔下已长出了稀疏的短须，伊然一个成年人了。他声称过去被人愚弄，今后当彻底地独立自主。皇上要振作，当然是好事；然则他的动机却出于疑忌。这又增加了左右大臣职务上的危险性。申时行也很清楚地看到，在他前任8个首辅中，只有李春芳和张四维可谓能全始终，其他翟銮、夏言、严嵩、徐阶、高拱和张居正6人，或遭软禁，或受刑事处分，或死后仍被追究。表面看来，所有处分出自皇帝的旨意，其实所有案件，无一不产生于文官集团中的矛盾。首辅或是在政策上遭到多数人的反对，或是个性太强而引起嫉妒和仇视。技术上的争端，一经发展，就可以升级扩大而成道德问题，胜利者及失败者也就相应地被认为至善或极恶。
在1583年的夏天到1585的夏天，申时行似乎感觉到有一个政治上的黑箍套在自己脑袋上，而且一天比一天加紧。反对他的以年轻的京官居多，只是因为他们还没有完全摸清皇帝对申先生的真实态度，一时不敢造次，但是攻击已经逐渐展开。他们首先质问：张居正的四个儿子，三个得中进士，其中两个人翰林院，申时行当日为会试时主试官之一，难道和他没有关系？这一质问没有动摇申时行的地位，他们接着又建议，今后大学士的儿子一律不得参加会试，这矛头显然是针对申时行的长子申用撤。再接着他们又弹劾吏部尚书杨巍，说他用人办事都逢迎内阁旨意，言外之意乃是首辅专权跋扈。这两次攻击依然无效，但是他们参劾礼部尚书徐学漠却取得成功，徐被迫去职。参劾者表面上的理由是他在选择皇帝陵墓的地址时，没有广泛地听取港舆专家的意见，以致没有选到一个真正的吉穴，但真正原因乃是徐学漠已被视为张居正的私人，而他在最近又把女儿嫁给了申时行的次子申用嘉。
这种攻击是经过深思熟虑，按照预定步骤进行的。整个方式可以称为“去皮见骨”攻击者常常从一些小事开始，诸如一句经书的解释，一种谐音的讽刺，一张不署名传单的内容，一个考题的不当等等，有时也可以在奏章上提出一个冤案，参劾一个不知名小富的家庭琐事，或者以论水利和研究马尾巴发难引出本题。利用这些小事可以促使公众注意，引起文官参加，假以时日，使小事积累而成大事，细微末节的局部问题转化而成为整个道德问题。在程序上讲，发展中的步伐则须前后衔接，第一步没有收到效果之前决不轻率采取第二步。而且出场交锋的人物起先总是无名小卒，直到时机成熟才有大将出马。这种方式，大凡久在政治圈子里的人物，都已看透，他们可以从青萍之末，预测大风暴的来临。
而对着这布置周详的攻击，申时行险些垮台；再加以高启愚一案，他更是被拖到了悬崖边上。然而出人意料之外的乃是他顶住了这种攻击。在这危机中摇而不坠，以后重又站稳了脚跟。这是申时行生活史上的一大胜利，使他的政治地位更趋巩固。
高启愚出身翰林院，曾任南京和北京的国子监祭酒，相当于国立大学校长。由于申时行的推荐，他以礼都右侍郎的身份充任皇帝的经筵讲官。按照过去成例，他之被任为大学士已是指日间事。和申时行一样，他还很可能为来日之首辅。只是高启愚命运乖违，正在官运亨通之际，忽然被人检举。几年之前他主持应天府乡试所出试题“舜亦以命禹”这时被认为宣扬掸让，即是恭维张居正有神禹疏凿之功；在有德者则君临天下的前提内，这也就是向张劝进。这一攻击既阴险又毒辣，因为它正中了皇帝心理上的要害。攻击者预料，高启愚为申时行提拔，在这严重罪状面前，申必然要出面为高辩护，于是就可以）顺水推舟地搞垮申时行。
果然计出如神，案件一发动，申时行出而为高启愚辩护。攻击者按照原定部署参劾申时行，又如预料申被参离职家居待勘，二辅许国代理阁务。许国又为申时行辩护，过几天也被参劾，也同样在家听候处理。
只是攻击者没有预料的，乃是这一场大风浪，使万历皇帝作了长时间上的考虑。他把种种迹象联系起来，逐渐明白了这些检举参劾的真实用意。何以这群“保皇党”当初在高启愚出题劝进的时候一言不发，今日张居正已经倒台则又振振有辞？可见他们也另有其“阴”他们好几个组织者都是三辅王锡爵主持会试的门生，如果搞垮申时行和许国，即可以拥护王锡爵担任首辅。事不凑巧，王锡爵责示了充分的明智和冷静，他不接受这样的拥戴，反而向万历皇帝上书称赞首辅申时行“泊然处中，重国体，惜人才”
于是圣意乃决，申时行和许国都被挽留。皇帝特遣的宦官到两位阁老家里央请他们出来视事。攻击者因之不能再加置像。但是为了保持文官间的平衡，也为了继续鼓励监察官尽忠报国，对攻击首辅的人也不便过重处罚。直到数月之后风波平息，万历才把其中最激烈的分子各降三级，首先参劾高启愚的御史，也调到外省；至于高启愚为生事之端，即便从轻处理，也不能认为全无过失，可以令之置身事外，乃以“出题谬妄”的罪名，被颁夺文官身份和以前恩赐的祖先浩命。
张居正一案的余波，到此才完全结束。故太师的头衔既然被俄家产也已没收，儿子进士翰林的名称又经一笔勾销，今后即再暴露他所培植的私人亦不能使皇帝激动，自此朝廷内的文官还要互相攻击，则必须另找新的题目来做文章，而不能再在张居正的骄奢无道或者窥窃神器上大加发挥了。
等到这一案完全结束之后，申时行才有机会平心静气地研究事情的真象。在所有反对他的人中，真正关心张居正的儿子如何进入翰林院以及皇帝陵墓风水好坏的恐怕很少，甚至借这个题目可以拥戴首辅以便自己升官的也不能太多。应当注意的仍是张居正本身是一个令人感情激动的题目。只要一提起他的名字，就立刻引起很多人气愤，因此反对者不一定要费很大的气力，即可以利用各文官间对故太师的反感，排斥他所接近的人，如侍郎表讲官高启愚、利部尚书徐学漠和他申时行自己。
为什么张居正这样令人痛恨？原因在于他把所有的文官摆在他个人的严格监视之下，并且凭个人的标准加以升迁或贬黜，因此严重地威胁了他们的安全感。这些官员之间关系复杂，各有他们的后合老板以及提拔的后进。他们又无一不有千丝万缕的家族与社会关系，因之得罪了一个人，就得罪了一批人；得罪了一批人，也就得罪了全国。这正如他同年王世贞所说，张居正一套偏激的办、法，是和全国的读书人作对。
张居正又错误地使用了懈复这一动物。监察官是征集舆论、平衡阴阳、在公益和私利中找到折衷的工具，元铺张先生却用它来推动自己的政策。御史和绘事中只检举对他不利的人物，不纠察他的行政，这种情况使他们与特务警察无异。因之张居正虽没有独裁者的权位，却有了独裁者的神通。要不是在他执政之日有这种普遍被压抑的恐惧和怨恨，以后的反张运动就不会引起这么多的同情，动员这么多的力量，产生这么多的枝节。
1585年，万历皇帝决心将张居正一案作为历史看待。申时行也决心防止这样的政治波澜再来掀动本朝的上下机构，他呈请皇帝停止张居正所制定的考成法。为了有效地管制全国各府县，这一考成法规定各科给事中按年月记载各地方官的政绩，其标准为欠税是否能够追缴，盗匪是否能够擒获。官员前案未结，就不许升迁离职，甚至有些已经退休或正在养病的官员还要被传询答复问题。现任首辅申时行认为这种方法有欠公允。因为税收能否如额征足，有其多方面的原因，而不完全决定于县令府尹的能力和办事精神；匪盗就擒或漏网，更多出于偶然的机会，如果上官不顾困难，一味逼迫下属，下属又逼迫兵丁捕快，就会促成许多嫌疑犯屈打成招，这也不是清明宽厚的本朝所宜有。万历听罢首肯。这样，张居正时代惟一有组织性的条例也就此撤销。
为了表示胸襟开阔，申时行对参劾过自己的官员概不追究，甚至还建议其中的几位官员晋级。另一件出人意外之事则是他替邹元标说好话。这一位邻元标，除了上书触怒圣颜之外，还帮助反对申时行的一派逐走了他的儿女亲家徐学漠。万历本来想重办邹元标，申时行出来讨价还价，终于使邹没有受到廷杖，仅以除籍了事，而在邹元标离职以后，申时行还在设法使他能第二次被召复职。
1587年又值京察之年，这是一个极好的机会可以宣扬他作为大政治家的诚意。京察每六年举行一次，全部京官都将被考核。各地巡抚由于带有都察院御史的头衔，所以也同于京官在考核之列。与他前任1581年的原则相反，申时行力主人事上的稳定。随即消息传来，政府让大小官员各安其位。于是众心欣慰。京察的结果，凡由进士出身的职官只有33人降级或罢免，而且这33人，没有一个出于吏部、都察院或翰林院这些传统上最富敏感的机关。这种想道稳定了文官集团的情绪，也稳定了首辅自己的地位，他被众口交誉为老成持重，有古君子之风。
他和万历之间的关系也越来越好，概言之，即已经由协调进而为亲密。册封万历的宠妃郑氏为皇贵妃时，他被委为正使之一。申时行又奉派为总揽大峪山今上陵寝的建筑工程，并已到施工之处巡视多次，一次在严寒，一次在酷暑。1587年，他报告一切进行都很顺利。万历龙颜大悦，特赏首辅申先生织有双喜字的锦缎一匹，让他制成新衣，以供阅陵时服用。
在皇帝的心目中既已取得了很高的信用，申先生又能以他高超的劝说能力，委婉地请求今上放弃他禁中内操，即在皇城中训练以宦官编成的军队，并同意不再随便出城巡阅，管束职掌特务的宦官张鲸。这些事情，如果不是申时行采用恰当的方式调停，很可能造成皇帝与百官间的冲突。因为在这些地方文官们有他们坚定强硬的看法，要是他们一定要以道德的名义在御前海谏，言语冲突之余，万历一动反感，很可能导致一意孤行。申阁老防患于未然，确已尽到从中调济的职责。
反对申时行的则仍称他为妥协，一味只顾目前适用，放弃原则。申时行当然有他的办法答辩。他表示，要是不恢复百官间的彼此信赖，怎么可以使他们大有作为，为皇上推行开明的政治？
管理我们这样一个大帝国，在许多问题上一定是要生间隙的。张居正以整饬纪律自居，而实际上他是强迫要求各人保证不生牌隙。申时行用恕道待人，又鼓励城信，就是期望各人自动地各尽其能地补救够隙。申时行的立论并非没有理由，但是从他四年内在文渊阁执政的纪录上看，其成功的希望至为微小。
推广诚意的方式是经常不断地举行礼仪，讲解“四书”和其他经史，然而最近以来，申时行已经不能劝说万历皇帝出席他应该主持的礼仪，经筵也久被搁置。申先生内心明白，经过张居正事件之后，皇帝对各种告汗、争论和答辩已经不感兴趣，他对一切都取怀疑的态度。因为他从小束发受教，就听说“王者无戏言”天子应对一切事物认真，更要在一句一语之间，相信亲信人的话。而现在看来，每个人都是说管说，做管做，两不相干，这又何怪乎他怀疑一切？他之所谓“讪君卖直”就表示他已经知道凡事都有其明暗阴阳。他对廷臣要求他为尧舜之君的说法不加反对，因为这是“四书”中的准则，又是祖先的训示，不容置辩。可是以他的聪明敏感，谁又能够保证他在内心深处，没有把这种要求当成臣下为他设置的羁绊？
皇帝放弃诚意，使申时行至为不安。然而他没有更好的办法，只好自己坚持信心，静待时机的好转。可是无情的时光，究竟还有多少让申时行来安排和等待呢？1587年，即万历十五年的秋天，他作为首辅已四年有半，今后还有四年，他仍为文渊阁的首长。在他不知不觉的用尽了命运为他安排作首辅的全段时间，那么太傅兼太子太师左柱国中极殿大学士申时行即想在文渊阁再多留一天，也是不能为时势所容许的了。